Gordura intramuscular (GIM) representa o conteúdo de gordura acumulada entre as fibras ou dentro das células musculares e vem sendo associada à maciez da carne. Compreender os mecanismos funcionais que regulam GIM tornou-se uma questão importante tanto para a indústria de carne quanto para a saúde humana. A regulação do genoma envolve todas as peculiaridades da expressão gênica, incluindo as modificações bioquímicas do DNA, o arranjo físico dos cromossomos e a ativação do mecanismo de transcrição. Neste estudo, a técnica Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC-Seq) foi realizada para caracterizar as regiões de acessibilidade da cromatina do músculo Longissimus dorsi de espécies bovinas (Bos indicus). Em um segundo momento, a análise de associação foi realizada entre essas regiões e os motivos candidatos e elementos reguladores associados à deposição e composição de GIM. O método ATAC-seq identificou 18.942 regiões acessíveis à cromatina e regiões reguladoras candidatas. Analisando os ATAC-Seq peaks nas regiões reguladoras de 10.117 genes co-expressos, observamos 506 motivos descritos em bancos de dados e associados à deposição intramuscular de gordura. Nosso estudo forneceu novas ideias sobre o processo de regulação do genoma que podem ajudar a entender melhor os mecanismos bioquímicos subjacentes a diferentes características fenotípicas relevantes para o mercado, para a sociedade e para a ciência.

Intramuscular fat (IMF) represents the amount of fat accumulated between muscle fibers or within muscle cells, which has been associated with beef tenderness. Understanding the functional mechanisms that regulate IMF content became is an important issue to meat industry and human health. Genome regulation involves all facets of gene expression, including the biochemical modifications of DNA, the physical arrangement of chromosomes and the transcription machinery activation. In this study, the Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC-seq) was performed to characterize the chromatin accessibility regions of Longissimus dorsi muscle from bovine (Bos indicus) species. In a second moment, the association analysis was performed among these regions and candidate motifs and regulatory elements associated with IMF deposition and composition. ATAC-seq method identified 18,942 chromatin accessible regions and candidate regulatory regions. By analyzing the ATAC-Seq peaks in the regulatory regions of 10,117 co-expressed genes, we observed 506 motifs described in databases and associated with intramuscular fat deposition. Our study provided novel insights into genome regulation process that can help to better understand the functional mechanisms underlying different phenotypic traits relevant to the meat industry, for society and for science.