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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.76.2010.tde-16022011-091415
Document
Author
Full name
Aparecido Rodrigues da Silva
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Carlos, 2010
Supervisor
Committee
Beltramini, Leila Maria (President)
Araújo-jorge, Tania Cremonini de
Bortolozzo, Maria Silvia Sanchez
Coelho, Reginaldo Teixeira
Torres, Bayardo Baptista
Title in Portuguese
Desenvolvimento e avaliação de modelos representativos para construção de aminoácidos e de estruturas de proteínas
Keywords in Portuguese
Aminoácidos
Estrutura de proteínas
Modelos de Aminoácidos
Modelos de Proteínas
Abstract in Portuguese
Foi desenvolvido um conjunto de peças plásticas que permitem a montagem e representação dos aminoácidos mais comuns, bem como a construção de estruturas protéicas. Durante e após o desenvolvimento o material foi submetido a várias etapas de avaliação por professores (do ensino básico e universitário), alunos de pós-graduação e de graduação. A primeira etapa foi o desenvolvimento dos modelos em ambiente computacional, seguida da prototipagem das peças. Após discussão com a comunidade científica (apresentados na XXXVI Reunião Anual da SBBq em 2007) as sugestões foram implementadas nos modelos computacionais. Quatro moldes para injeção termoplástica foram projetados, detalhados e construídos, sob nossa orientação. As peças representando as estruturas que compõe os aminoácidos e ligações foram produzidas em grande escala e iniciou-se o processo final de avaliação. As peças apresentaram boas relações geométricas com as fórmulas estruturais dos aminoácidos obtidas de bancos de dados e livros didáticos. As conexões Cα-amina e Cα-carboxila permitem verificar a liberdade de rotação característica das cadeias polipeptídicas e as possibilidades dos ângulos de torção Ψ e Φ, visualizando a restrição de rotação da ligação peptídica. Montando um conjunto de aminoácidos é possível construir uma cadeia polipeptídica e, através das ligações de hidrogênio, montar as estruturas secundárias principais (hélice-α e estruturas β). Duas avaliações preliminares foram realizadas e a avaliação final ocorreu em uma oficina de atividades com 256 professores das áreas de ciências da natureza da rede publica do Estado de SP. Os resultados da avaliação foram extremamente positivos, sendo importante destacar a quantidade e o teor dos comentários elogiosos ao potencial de utilização do material, notadamente, dos professores de biologia e química. O material poderá inclusive auxiliar no preenchimento de lacunas conceituais que existem na formação dos professores e que foram observadas durante as atividades de avaliação. Este conjunto de peças, organizado na forma de um kit: Construindo Estruturas de Aminoácidos e Proteínas, foi submetido à avaliação do MEC e certificado por este órgão, passando a integrar o Guia de Tecnologias Educacionais 2008.
Title in English
Development and evaluation of representative models to build amino acids and protein structures
Keywords in English
Amino acids
Amino acids models
Proteins models.
Proteins structure
Abstract in English
It was developed a set of plastic pieces that allow the assembly and representation of the most common amino acids, as well as the construction of protein structures. During and after development the material was submitted to several stages of evaluation by teachers (primary and university), graduate and undergraduate students. The first step was the development of models in the computing environment, followed by prototyping of parts. After discussion with the scientific community (presented at the XXXVI Annual Meeting of SBBq in 2007) suggestions were implemented in the computational models. Four thermoplastic injection molds were designed, detailed and constructed under our supervision. Parts representing the structures of amino acids and bonds were produced in large scale and it was started the final process of evaluation. The pieces had good geometric relationships with the structural formulas of amino acids obtained from databases and textbooks. The connections Cα-amine and Cα-arboxyl permit to check the freedom of rotation of the polypeptide chains and the possibility of torsion angles Φ and Ψ, visualizing the restriction of rotation of the peptide bond. Assembling a set of amino acids is possible to build a polypeptide chain and, through hydrogen bonding, to assemble the main secondary structures (α-helix and β-structures). Two preliminary evaluations were conducted and the final evaluation took place in a workshop with 256 teachers of the fields of natural sciences from public schools of the São Paulo State. The results of the evaluation were extremely positive and it is important to highlight the amount and content of approving comments for the potential of use of the material, especially from biology and chemistry teachers. The material may even assist in filling in conceptual gaps that exist in teacher instruction and that were observed during the evaluation activities. This set of pieces, arranged in the form of a kit: Building Structures of Amino Acids and Proteins, was submitted to MEC and certified by this organization, starting to integrate the Guide of Educational Technology 2008.
 
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Publishing Date
2011-02-18
 
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