A Fibropapilomatose (FP) é uma neoplasia reportada em todas as espécies de tartarugas-marinhas. Dentre as espécies, a tartaruga-verde apresenta a maior prevalência da doença, sendo assim considerada uma doença panzoótica emergente. A associação do Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5) à tecidos tumorais, demonstrada por inúmeros estudos moleculares, descreve como agente etiológico da FP o ChHV5. Entretanto, há um consenso de que a doença possui caráter multifatorial e sua patogênese não é elucidada. A detecção de ChHV5 em diferentes tecidos permite o monitoramento do vírus na região e contribui para a compreensão da epidemiologia e patogênese deste agente, auxiliando na gestão e conservação da espécie. Dessa forma, o presente estudo teve por objetivo a detecção de ChHV5 em amostras de Chelonia mydas (tartaruga-verde), acometidas e não acometidas pela FP, provenientes do Litoral Norte do Estado de São Paulo, através de técnicas moleculares e avaliação histopatológica. Foram avaliadas amostras de tumores (42 externos e um interno), pele (n=50) e pulmões (n=27) procedentes de 53 espécimes. A prevalência de ChHV5 nos indivíduos foi de 94,33% (50/53), observando a presença do vírus em todos os tipos de tecidos avaliados, e em indivíduos acometidos e não acometidos pela doença. A avaliação histopatológica demonstrou uma maior frequência de tecidos tumorais caracterizados como fibropapilomas, seguido por papilomas, fibromas e papiloma/fibropapiloma, e observou-se corpúsculos de inclusão intranucleares e degeneração balonosa em 5,26% (2/38) das amostras. Os resultados permitiram a formulação de hipóteses que podem contribuir para a compreensão de aspectos relacionados à patogênese da doença, forneceram dados de prevalência, auxiliando no monitoramento do agente na região estudada, e demonstraram a presença do vírus em pulmões de indivíduos não acometidos pela FP, não descrita em literature.