Sixty-nine species of wild mammals are officially classified as threatened of extinction in Brazil, which represents 10.6% of 652 native species. The orders with the highest proportions of threatened species are Primates and Carnivora. Human activities, resource depletion, and climate change fuel a dangerous rise on transmission of several pathogens, increasing the risk of diseases with potentially harmful outcomes. Many studies have reported the flow of pathogens among domestic animals, wildlife, and humans, leading to consequences such as epizootics or pandemics. Specifically, among domestic and wild carnivores, some diseases have already been reported, including distemper, parvovirus, rabies, leishmaniasis and dirofilariosis. To enhance the knowledge about the occurrence of pathogens in wild carnivores, this dissertation aimed to study by molecular and anatomopathological methods the presence of four RNA virus agents: Canine Distemper Virus (CDV), SARS-CoV-2, Feline Coronavirus (FCoV) and Rabies Virus (RABV). For this, carcasses of roadkilled wild carnivores on roads in the state of São Paulo were collected. A necropsy was performed looking for gross changes suggestive of the diseases caused by the studied viruses. Additionally, fragments of organs were collected, fixed in 10% formalin, and routinely processed to make slides stained with H&E for subsequent histopathological analysis in search of microscopic changes consistent with the viral agents studied, for those cases where the molecular assays were positive. For each viral agent, samples from the target organ were collected: CDV (lung, central nervous system, kidney, and intestine), SARS-CoV-2 (lung), FCoV (intestine) and RABV (central nervous system), and conventional polymerase chain reaction (PCR) or real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) tests were performed. In total, 33 carcasses were collected representing four species of felids (Herpailurus yagouaroundi, Leopardus Pardalis, Puma concolor, Leopardus guttulus), three of mustelids (Lontra longicaudis, Galictis cuja, Eira barbara), two of canids (Cerdocyon thous and Chrysocyon brachyurus), and two of procyonids (Nasua nasua and Procyon cancrivorus). Through anatomopathological analyses, no changes (gross or microscopic) suggestive of the diseases caused by the agents studied were observed. Likewise, molecular screening showed that all cases were negative for all tests carried out. It is concluded that there was no evidence of the presence of these viruses in the animals studied; therefore our sampling allows us to infer that in the study area these viral agents do not appear to be, at this time, a threat to the conservation of wild carnivores. However, due to the species diversity in this study, we consider that unnatural mortality by roadkills may be important for the loss of apparently healthy individuals. Finally, we highlight the importance of increasing the implementation of mitigation measures on roads in the state of São Paulo.

Sessenta e nove espécies de mamíferos estão oficialmente ameaçadas de extinção no Brasil, o que representa 10,6% das 652 espécies dos mamíferos nativos. As ordens com as maiores proporções de espécies em categorias de ameaça são Primatas e Carnívora. O impacto das atividades humanas, junto com a atual taxa de extinção global de recursos naturais e as mudanças climáticas, influenciam a transmissão de diversos patógenos que podem causar doenças com resultados potencialmente devastadores. Diversos estudos já relataram o aumento do fluxo de patógenos entre animais domésticos, selvagens e humanos, levando a epizootias ou inclusive pandemias. Especificamente, entre carnívoros domésticos e silvestres algumas doenças já relatadas incluem: cinomose, parvovirose, raiva, leishmaniose e dirofilariose. Para aumentar o conhecimento sobre a ocorrência de patógenos em carnívoros silvestres, esta dissertação teve como objetivo estudar por métodos moleculares e anatomopatológicos a presença de quatro agentes RNA vírus: vírus da cinomose (CDV), SARS-CoV-2, coronavírus felino (FCoV) e vírus da raiva (RABV). Para isso, foram coletadas carcaças de carnívoros silvestres atropelados em rodovias do estado de São Paulo. Foi realizada necropsia buscando alterações macroscópicas sugestivas das doenças causadas pelos agentes estudados. Adicionalmente, foram coletados fragmentos de órgãos, fixados em formalina 10%, e processados de rotina para confecção de lâminas coradas com H&E para posterior análise histopatológica em busca de alterações microscópicas condizentes com os agentes virais estudados, naqueles casos positivos nos exames moleculares. Para cada agente viral, foram coletadas amostras do órgão alvo: CDV (pulmão, sistema nervoso central, rim e intestino), SARS-CoV-2 (pulmão), FCoV (intestino) e RABV (sistema nervoso central), e foram realizados testes de reação em cadeia da polimerase convencional (PCR) ou em tempo real (RT-PCR). No total, foram coletadas 33 carcaças representando quatro espécies de felídeos (Herpailurus yagouaroundi, Leopardus Pardalis, Puma concolor, Leopardus guttulus), três de mustelídeos (Lontra longicaudis, Galictis cuja, Eira barbara), duas de canídeos (Cerdocyon thous e Chrysocyon brachyurus), e duas de procionídeos (Nasua nasua, Procyon cancrivorus). Por meio da avaliação anatomopatológica não foram observadas alterações sugestivas das doenças causadas pelos agentes estudados. Igualmente a triagem molecular evidencio que todos os casos foram negativos para todos os testes realizados. Conclui-se que não houve evidência da presença desses vírus nos animais estudados; desta forma, nossa amostragem permite inferir que na área de estudo estes agentes virais não parecem ser, neste momento, uma ameaça à conservação dos carnívoros selvagens. No entanto, devido à diversidade de espécies neste estudo, consideramos que o atropelamento pode ser sim importante para a perda de indivíduos aparentemente sadios. Ainda, salienta-se a importância de aumentar a implementação de medidas de mitigação nas rodovias do estado de São Paulo.