Este trabalho teve como objetivo aplicar diferentes estratégias de seleção em relação aos perfis de corridas de homozigosidade em uma população (via dados simulados), além de investigar o impacto de tais estratégias sob o aumento ou redução do valor genético estimado (EBV) de uma característica e outros parâmetros relacionados à variabilidade genética da população. Para isso, uma população de bovinos de corte foi simulada com o pacote R AlphaSimR, contendo 5 cromossomos com diferentes tamanhos e números de loci de interesse econômico (QTL, do inglês Quantitative Trait Loci), correspondentes a uma característica com herdabilidade de 0,3. A partir da simulação inicial, foram testadas três estratégias de seleção e acasalamentos dirigidos. (1) EBV + Fped: valores genéticos estimados através do pedigree e fenótipo, e o coeficiente de endogamia baseado em Pedigree. (2) GEBV + Fg: valores genéticos estimados através de informações de marcadores genéticos do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism), e coeficiente de endogamia genômico. (3) GEBV + Froh: valores genéticos estimados através de informações de marcadores genéticos do tipo SNP, e coeficiente de endogamia baseado em corridas de homozigosidade. A estratégia GEBV + Froh produziu consistentemente valores genéticos verdadeiros e fenótipos superiores. O Fg foi mais baixo quando utilizada a estratégia GEBV + Fg, no entanto a mesma estratégia promoveu a formação de corridas de homozigosidade maiores e mais frequentes no genoma. A estratégia mais eficiente para minimizar a porcentagem do genoma coberta por ROHs, no entanto, foi a EBV + Fped. As avaliações genéticas de cada animal da população, assim como os respectivos coeficientes de endogamia, foram desenvolvidos via mescla de ativações em tempo real de softwares já existentes (BLUF90, PLINK), por meio de uma interface desenvolvida em linguagem R. Algumas limitações foram pontuadas, tais quais o tamanho populacional utilizado e a adequação de certos parâmetros da simulação, e possíveis soluções foram propostas.

This work aimed to apply different selection strategies in relation to runs of homozygosity profiles in a population (via simulated data), in addition to investigating the impact of such strategies on the increase or decrease of the Estimated Breeding Value (EBV) of a trait and other parameters related to the genetic variability of the population. For this, a population of beef cattle was simulated with the R package AlphaSimR, containing 5 chromosomes with different sizes and numbers of Quantitative Trait Loci (QTL), corresponding to an additive trait with heritability of 0.3. From the initial simulation, three selection and mating strategies were tested. (1) EBV + Fped: genetic values estimated through pedigree and phenotype, and the inbreeding coefficient based on Pedigree. (2) GEBV + Fg: genetic values estimated through information from Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers, and genomic inbreeding coefficient. (3) GEBV + Froh: genetic values estimated through information from SNP genetic markers, and inbreeding coefficient based on homozygosity runs. The GEBV + Froh strategy consistently produced superior true breeding values and phenotypes. Fg was lower when using the GEBV + Fg strategy, however the same strategy promoted the formation of larger and more frequent runs of homozygosity in the genome. The most efficient strategy to minimize the percentage of the genome covered by ROHs, however, was EBV + Fped. The genetic evaluations of each animal in the population, as well as the respective inbreeding coefficients, were developed via a mix of real-time activations of existing software (BLUF90, PLINK), through an interface developed in R language. Some limitations were highlighted, such as the population size used and the adequacy of certain simulation parameters, and possible solutions were proposed.