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Master's Dissertation
DOI
10.11606/D.11.2013.tde-13112013-143342
Document
Author
Full name
Débora Robert de Godoi
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Piracicaba, 2013
Supervisor
Committee
Dias, Carlos Tadeu dos Santos (President)
Araújo, Lúcio Borges de
Pião, Antonio Carlos Simões
Title in Portuguese
Estabilidade em análise de agrupamento via modelo AMMI com reamostragem "bootstrap"
Keywords in Portuguese
Análise de agrupamentos
Biplot
Bootstrap
Interação entre genótipos e ambientes
Modelo AMMI
Abstract in Portuguese
O objetivo deste trabalho é propor uma nova metodologia de interpretação da estabilidade dos métodos de agrupamento, para dados de vegetação, utilizando a metodologia AMMI e a reamostragem (bootstrap), para ganhar confiabilidade nos agrupamentos formados. Os dados utilizados são provenientes do departamento de genética da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", e visam à produtividade de soja. Primeiramente aplica-se a metodologia AMMI e então, é estimada a matriz de distâncias euclidianas - com base nos dados originais e obtidos via reamostragem (bootstrap) - para a aplicação dos métodos de agrupamento (vizinho mais próximo, vizinho mais distante, ligação média, centroide, mediana e Ward). Para a verificação da validade dos agrupamentos formados utiliza-se o coeficiente de correlação cofenética, e pelo teste de Mantel, é apresentada a distribuição empírica dos coeficientes de correlação cofenética. Os agrupamentos obtidos pelos diferentes métodos são, em sua maioria, semelhantes indicando que, em princípio, qualquer um desses métodos seria adequado para a representação. O método que apresenta resultados discrepantes em relação aos outros (tanto para os dados originais, quanto pelos dados obtidos via bootstrap) - na representação gráfica em dendrograma - é método de Ward. Este estudo é promissor na análise da validade de agrupamentos formados em dados de vegetação.
Title in English
Stability in clustering analysis through the AMMI methodology with bootstrap
Keywords in English
AMMI Model
Biplot
Boostrap
Clustering analysis
Genotypic and environmental interaction
Abstract in English
The objective of this work is to propose a new interpretation methodology of clustering methods for vegetation data stability, using the AMMI and bootstrap methodology, to gain reliability in the clusters formed. The database used is from the Departament of Genetics of Luiz de Queiroz College of Agriculture, aiming soybean yield. Firstly AMMI is applied, then the Euclidian distance matrix is estimated - based on the original data and on the acquired by the bootstrap method - for the application of clustering methods (nearest neighbor, furthest neighbor, average linkage, centroid , median and Ward). In order to assess the validity of clusters formed the cophenetic correlation coefficient is used, and the Mantel test, in order to show the empirical distribution of the cophenetic correlation coefficients. The clusters obtained by different methods are, in most cases, quite similar, indicating that in principle, any of these methods would be suitable for the representation. The method that presents discrepant results (for both the original and bootstrap method obtained data) - on the dendrogram graphical representation, compared to the others - is the Ward's. This study is promising in the analysis of validity of clusters formed in vegetation data.
 
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Publishing Date
2013-11-19
 
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