A análise de ligação em populações de espécies de polinização aberta, em que não é possível a obtenção de linhagens, é mais complicada do que em populações de cruzamentos controlados em que isso é possível. Este trabalho trata da análise de ligação em progênies resultantes de diferentes cruzamentos entre duas plantas de espécie de polinização aberta, considerando-se dois locos. Dois métodos de estimação para a freqüência de recombinação foram comparados: o método da máxima verossimilhança e um método Bayesiano com o uso de uma priori uniforme. As estimativas da freqüência de recombinação obtidas pelo método Bayesiano, em geral apresentam menor soma de quadrados de resíduos que as estimativas de máxima verossimilhança e os comportamentos das estimativas obtidas pelos dois métodos, tornam-se próximos a medida em que o tamanho da progênie aumenta. Além disso, o fato de se estimar a freqüência de recombinação por um método ou outro não interfere na estimação da fase de ligação (que também é estimada por um método Bayesiano). Assim, o método puramente Bayesiano pode também ser recomendado para a análise de ligação. Uma vez que a abordagem Bayesiana também permite a incorporação de informações a priori fornecidas pelo pesquisador ou com base em artigos já publicados, nota-se que o enfoque Bayesiano pode ser uma alternativa útil em vários casos.

Linkage analysis in outcrossing species populations in which the achievement of lines is not possible is more complicated than in populations of controlled crossings where this is possible. This study deals with linkage analysis in progenies that are result of different crossings between two plants of the outcrossing species, considering two loci. Two methods of estimation for the recombination frequency were compared: the method of maximum likelihood and a Bayesian method with the use of a priori uniform. The recombination frequency estimates obtained by the Bayesian method generally present a smaller sum of squares of residues than the estimates of maximum likelihood. The performance of the estimates obtained by the two methods become similar inasmuch as the progeny size is increased. Besides, the fact of estimating a recombination frequency by one method or the other does not interfere in the estimation of the linkage phase (which is also estimated by a Bayesian method).The purely Bayesian method can therefore also be recommended for linkage analysis. Since the Bayesian approach also allows the incorporation of information furnished a priori by the researcher or based on published articles, one notes that the Bayesian focus would be a useful alternative in various cases.