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Disertación de Maestría
DOI
10.11606/D.11.2018.tde-25072018-181323
Documento
Autor
Nombre completo
Rodrigo Rampazo Amadeu
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
Piracicaba, 2018
Director
Tribunal
Garcia, Antonio Augusto Franco (Presidente)
Carneiro, Monalisa Sampaio
Colombo, Carlos Augusto
Oliveira, Giancarlo Conde Xavier
Título en inglés
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci
Palabras clave en inglés
Autotetraploids
Molecular marker
Molecular relationship
Polyploid
SNP
Resumen en inglés
Crops, such as sugarcane, potato, and several forages and berries, are autopolyploids. In plant breeding studies, a key subject is the pairwise relatedness between cultivars. This information can be incorporated in GWAS (genome-wide association) and GS (genomic selection) studies allowing powerful genetic analysis. Despite the autopolyploid importance in agriculture, they lack genetic studies considering ploidy level, and, therefore, polyssomic inheritance. Our objective in this work is: i) to investigate, through simulations, different molecular pairwise relatedness estimators; ii) to recommend which one is the best to be used in different scenarios regarding characteristic as number of loci, number of alleles, ploidy level, double-reduction, and inbreeding level. Our recommendations may guide autopolyploid breeding programs will be able to choose the best strategies and estimators based their reality.
Título en portugués
Parentesco molecular em autopoliploides: um estudo de simulação considerando lingação e muitos loci
Palabras clave en portugués
Autotetraploides
Marcador molecular
Parentesco molecular
Poliploides
SNP
Resumen en portugués
Culturas agrícolas como cana-de-açúcar, batata, batata doce, diferentes forrageiras e frutas são autopoliploides. Em melhoramento de plantas, o conhecimento do parentesco entre cultivares é crítico. Essa informação pode ser incorporada em estudos de GWAS (genome-wide association studies) e GS (genomic selection) permitindo uma análise genética e predição de QTLs e valores genéticos de maior poder estatístico. No entanto, faltam estudos genéticos que considerem parentesco em um cenário autopoliploide. Nossos objetivos neste trabalho são: i) investigar, através de simulações, diferentes estimadores de parentesco entre indivíduos; ii) recomendar o melhor estimador basedo em cenários específicos considerando diferentes número de loci, número de alelos, ploidia, nível de dupla-redução e endogamia. Nossas recomendações poderão orientar estratégias de programas de melhoramento genético de espécies autopoliploides para escolha de estimadores baseados em seu cenário específico.
 
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Fecha de Liberación
2020-07-26
Fecha de Publicación
2018-08-02
 
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