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Mémoire de Maîtrise
DOI
10.11606/D.11.2018.tde-25072018-181323
Document
Auteur
Nom complet
Rodrigo Rampazo Amadeu
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
Piracicaba, 2018
Directeur
Jury
Garcia, Antonio Augusto Franco (Président)
Carneiro, Monalisa Sampaio
Colombo, Carlos Augusto
Oliveira, Giancarlo Conde Xavier
Titre en anglais
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci
Mots-clés en anglais
Autotetraploids
Molecular marker
Molecular relationship
Polyploid
SNP
Resumé en anglais
Crops, such as sugarcane, potato, and several forages and berries, are autopolyploids. In plant breeding studies, a key subject is the pairwise relatedness between cultivars. This information can be incorporated in GWAS (genome-wide association) and GS (genomic selection) studies allowing powerful genetic analysis. Despite the autopolyploid importance in agriculture, they lack genetic studies considering ploidy level, and, therefore, polyssomic inheritance. Our objective in this work is: i) to investigate, through simulations, different molecular pairwise relatedness estimators; ii) to recommend which one is the best to be used in different scenarios regarding characteristic as number of loci, number of alleles, ploidy level, double-reduction, and inbreeding level. Our recommendations may guide autopolyploid breeding programs will be able to choose the best strategies and estimators based their reality.
Titre en portugais
Parentesco molecular em autopoliploides: um estudo de simulação considerando lingação e muitos loci
Mots-clés en portugais
Autotetraploides
Marcador molecular
Parentesco molecular
Poliploides
SNP
Resumé en portugais
Culturas agrícolas como cana-de-açúcar, batata, batata doce, diferentes forrageiras e frutas são autopoliploides. Em melhoramento de plantas, o conhecimento do parentesco entre cultivares é crítico. Essa informação pode ser incorporada em estudos de GWAS (genome-wide association studies) e GS (genomic selection) permitindo uma análise genética e predição de QTLs e valores genéticos de maior poder estatístico. No entanto, faltam estudos genéticos que considerem parentesco em um cenário autopoliploide. Nossos objetivos neste trabalho são: i) investigar, através de simulações, diferentes estimadores de parentesco entre indivíduos; ii) recomendar o melhor estimador basedo em cenários específicos considerando diferentes número de loci, número de alelos, ploidia, nível de dupla-redução e endogamia. Nossas recomendações poderão orientar estratégias de programas de melhoramento genético de espécies autopoliploides para escolha de estimadores baseados em seu cenário específico.
 
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Date de Libération
2020-07-26
Date de Publication
2018-08-02
 
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