Disertación de Maestría
DOI
https://doi.org/10.11606/D.11.1999.tde-20220208-105603
Documento
Autor
Nombre completo
Alessandra Maria Moreira Reis
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
Piracicaba, 1999
Director
Título en portugués
Distribuição da variabilidade genética em aroeira (Myracrodruon urundeuva - Anacardiaceae) por marcadores RAPD e polimorfismo de sequências de cpDNA
Palabras clave en portugués
AROEIRA
DIVERSIDADE GENÉTICA
MARCADOR MOLECULAR
POLIMORFISMO
SEQUÊNCIA DO DNA
VARIAÇÃO GENÉTICA EM PLANTAS
Resumen en portugués
Marcadores RAPD e sequenciamento de cpDNA foram utilizados para estudar a distribuição da variabilidade genética em um banco de germoplasrna de aroeira (Myracrodruon urundeuva - Anacardiaceae) e para investigar as contribuições da dispersão de pólen e semente no intercâmbio genético entre populações desta espécie em urna escala regional. O banco de germoplasma é constituÃdo de acessos de sementes coletadas na área de ocorrência da espécie no Cerrado. Sementes de duas populações naturais foram incluÃdas na análise, totalizando 192 indivÃduos. Urna Análise de Coordenadas Principais baseada na similaridade genética estimada com 83 marcadores RAPD mostrou que não existem agrupamentos definidos entre indivÃduos por áreas de coleta. O teste de correlação de matrizes de Mantel revelou urna pequena, porém significativa correlação entre a distância genética e a distância geográfica (r = 0,17; p<0,001). Urna Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou que 92% da variabilidade genética estão contidos dentro de zonas de coleta e, embora significativos, somente 3,5% e 4,5% da variabilidade são encontrados entre regiões e entre zonas de coleta dentro de regiões, respectivamente. A AMOVA das duas populações resultou em um padrão de distribuição semelhante ao das zonas de coleta, com 97% da variabilidade dentro de populações. Urna análise de 10 famÃlias com 16 meio-irmãos revelou que entre 75 e 89% da variabilidade estão contidos dentro de famÃlias, sugerindo que as sementes de uma mesma árvore representam uma porção significativa da variabilidade encontrada na população. Para investigar a contribuição do pólen e da semente na distribuição da variabilidade genética, a variação para marcadores nucleares RAPD foi comparada ao polimorfismo em uma sequência não codificadora do cpDNA. Trinta e nove indivÃduos de 5 populações amostrados no banco de germoplasma foram usados nesta parte do estudo. A maior parte da variabilidade genética para DNA nuclear foi encontrada dentro de populações (82%). Em contraste, uma forte estrutura geográfica foi encontrada entre populações para a sequência de cpDNA analisada. A diferenciação das populações pelo cpDNA foi baseada na presença de uma inserção/deleção de 6 pares de bases encontrada pelo sequenciamento dos indivÃduos das 5 populações e, em seguida, visualizada como polimorfismo de comprimento regionalmente estruturado em todos os 192 indivÃduos. Os resultados demonstram que polimorfismos intraespecÃficos no cpDNA podem ser encontrados facilmente e constituem, como no caso da aroeira, marcadores bastante úteis na identificação regional de acessos de germoplasma. A limitada diferenciação entre populações para marcadores nucleares contrastando com a forte estruturação para o DNA de cloroplasto, sugere uma contribuição significativamente maior da polinização na redução da diferenciação genética entre as populações de aroeira. Tomados conjuntamente, os resultados indicam que, tanto para o estabelecimento de reservas genéticas in situ ou coletas para a conservação ex situ, os esforços devem ser direcionados para a coleta ou conservação de um maior número de indivÃduos em um número reduzido de áreas distantes entre si. Caso hajam recursos disponÃveis para aumentar a base genética de uma coleção de germoplasma existente, as expedições de coleta devem priorizar populações localizadas a distâncias significativas daquelas já amostradas.
Título en inglés
Distribution of genetic variability in aroeira (Myracrodruon urundeuva - Anacardiaceae) for RAPD markers and cpDNA sequence polimorphism
Resumen en inglés
RAPD markers and cpDNA sequencing were used to study the distribution of genetic variability in a germplasm collection of Aroeira (Myracrodruon urundeuva - Anacardiaceae) and to investigate the comparative contributions of seed and pollen dispersion in genetic exchange among populations of this species at a regional scale. The germplasm collection is composed of seed accessions collected throughout aroeiras geographical range. Seeds from two natural populations were also included in the study. A Principal Coordinate Analysis (PCO) based on genetic similarities estimated with 83 RAPD markers showed no defined clusterÃng among individuais from the sarne collection sites. However, a matrix correlation test showed low, but significant correlation between genetic and geographic distances (r = 0.17; p < 0.001). An AMOVA showed that 92% of the genetic variation is found within collection sites. Significant variation was found both between regions and between sites within regions, although oniy 3.54 and 4.44% of the variation were found at these leveis respectively. An AMOVA on the individuais from the two natural populations resulted in a pattem of distribution congruent to the one found for the collection sites, with 97% of variability within populations. An analysis of 10 open-pollinated families revealed that between 75% and 89% of the variability are contained within families, suggesting that seeds from one tree represent a significant proportion of the variability found in the population. To investigate the contribution of pollen and seed flow in genetic variability distribution, variation in a biparentally inherited nuclear DNA marker (RAPD) was compared to sequence polymorphism in a noncoding region of the maternally inherited cpDNA. A total of 39 individuais from five populations sampled from the germplasm collection were used in this part of the study. Most of the genetic variability (82%) for nuclear markers in aroeira is contained within populations. ln contrast, a significant differentiation and strong geographical structuring was found among populations for the chloroplast DNA sequence examined. This population differentiation for cpDNA was based on an insertion/deletion polymorphism of a six basepairs sequence that was found from sequencing and was then resolved as a length polymorphism regionally structured in all 192 individuals. Toe results showed that intraspecific polymorphisms can be readily found in cpDNA and can represent, as in the case of Aroeira, an extremely useful genetic marker in the regional identification of accessions. The limited differentiation among populations for nuclear markers contrasting with the high differentiation for cpDNA strongly suggests a significantly larger contribution of pollination in the genetic exchange among Aroeira populations. Taken jointly, results indicate that, either for the establishment of in situ genetic reserves or for ex situ conservation of Aroeira, efforts should be directed to collection or conservation of a large number of individuals on a reduced number of distant sites. In addition, if resources are available to enlarge the genetic base of the existing collection, expeditions should prioritize populations located in areas at significant distances to those already sampled.
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Fecha de Publicación
2022-02-08