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Doctoral Thesis
DOI
10.11606/T.11.2018.tde-04012018-145741
Document
Author
Full name
Renata Moreira Barroso
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Piracicaba, 2017
Supervisor
Committee
Souza, Vinicius Castro (President)
Amaral, Weber Antonio Neves do
Capelo, Fiorella Fernanda Mazine
Ivanauskas, Natalia Macedo
Silva, Edson José Vidal da
Title in Portuguese
Identificação de gêneros arbóreos de Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae do Estado de São Paulo utilizando o marcador molecular rbcL
Keywords in Portuguese
Banco de dados
Diversidade de espécies
Flora brasileira
Identificação molecular
Abstract in Portuguese
O Brasil, como país detentor da maior biodiversidade mundial de plantas, possui um importante papel no desenvolvimento de pesquisas que auxiliem ou viabilizem a identificação de sua diversidade vegetal, como o estudo de marcadores moleculares adequados a esta tarefa. Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae são as famílias mais importantes da Flora Brasileira por apresentarem grande diversidade de gêneros e espécies e serem consideradas de difícil identificação pela taxonomia tradicional. Tendo em vista o potencial do rbcL na identificação molecular de plantas, este trabalho propôs estudar a eficiência deste marcador em identificar gêneros e espécies das três principais famílias de árvores da Flora do Estado de São Paulo. Foi criado um banco de sequências de rbcL contendo 160 espécies, o qual foi testado quanto sua eficiência de identificação através de um teste cego contendo as sequências inteiras (maior que 400 pares de base) e as sequências de tamanho reduzido em 300, 200 e 100 pb. O teste cego também foi realizado no banco de sequências mundial Boldsystems. Para a análise dos resultados foi utilizado o programa BLAST que busca similaridades entre as sequências. Os resultados evidenciaram a viabilidade do método ao mostrar que o rbcL identificou 100% dos gêneros arbóreos de Fabaceae e Myrtaceae, porém não podemos dizer o mesmo para identificar gêneros de Lauraceae e nem em nível específico para qualquer uma das famílias, já o teste de identificação com as sequências reduzidas mostrou que a sequência de rbcL da espécie a ser analisada deve conter mais que 400 pares de base para não comprometer a correta identificação de gênero.
Title in English
Identification of Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae São Paulo State's tree genera using the molecular marker rbcL
Keywords in English
Angiosperms
DNA barcode
Molecular identification
Taxonomy
Vegetation
Abstract in English
Brazil, as the country with the greatest biodiversity in the world, has an important role in the development of research to help or enables the identification of its plant diversity, such as the study of suitable molecular markers for this task. Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae are the most important families of the Brazilian Flora because they present a large diversity of genera and species and are considered difficult to identify by the traditional taxonomy. Considering the potential of rbcL in the molecular identification of plants, this work aims to study the efficiency of this marker in identifying genera and species of the three main tree families of São Paulo State's Flora. A rbcL sequence Bank containing 160 tree species was created in order to test its efficiency through a blind test with whole and reduced sequences using the BLAST program that searches for similarities between sequences. The blind identification test was also performed using the Boldsystems database. The results showed that the rbcL can´t be indicated to identify Lauraceae tree genera, but can be indicated to successfully identify tree genera of Fabaceae and Myrtaceae. The test identification with reduced sequences showed that the analized specie must have at least 400pb to not compromise the correct genera identification.
 
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Publishing Date
2018-01-19
 
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