Trabalhos anteriores do nosso grupo identificaram RMEL3 como um RNA longo não codificante (lncRNA) com expressão enriquecida em melanoma. No presente trabalho, através da análise dos dados públicos de melanoma do The Cancer Genome Atlas (TCGA), confirmou-se a expressão enriquecida de RMEL3 em melanoma comparado a tecidos normais e a outros tipos de cânceres. Identificamos que pacientes de melanoma portadores da mutação BRAFV600E apresentam maior expressão de RMEL3 e demonstramos que o bloqueio dessa oncoproteína reduz os níveis de expressão de RMEL3 em 60%, revelando-a como um regulador a montante desse lncRNA. O silenciamento de RMEL3 mediado por shRNA reduziu drasticamente a formação de colônias (90%) e a migração (85%) na linhagem celular de melanoma A375, o que é amparado por dados de maior expressão de RMEL3 em tumores fenotipicamente invasivos e em processo de início de metástase. O fenótipo observado é, pelo menos parcialmente, explicado pelo perfil transcriptômico associado a esse lncRNA, onde há a regulação de processos como sinalização de p53 e transição epitélio-mesenquimal, assim como, forte correlação com componentes e efetores das vias MAPK e PI3K. Identificamos a existência de diferentes isoformas de RMEL3 com distribuições intracelulares distintas, o que permite sua atuação em funções moleculares independentes. A análise do banco de dados do TCGA revelou a possibilidade de RMEL3 atuar como uma esponja para microRNAs favorecendo a expressão de genes pró-tumorigênicos como FGF2 e Bcl-2 e, além disso, a expressão de RMEL3 mostrou-se fortemente correlacionada com uma hipermetilação do genoma e parece contrabalancear a hipometilação induzida por BRAFV600E, afetando alvos diferentes. Além disso, o ensaio de pulldown do transcrito nativo de RMEL3 seguido de espectrometria de massas identificou diversas proteínas ligantes de RMEL3 envolvidas com processos que, conhecidamente, sustentam a progressão tumoral como glicólise e a via de MAPK. Dessa forma, o conjunto de dados de pacientes do TCGA e os dados funcionais demonstram que RMEL3 é importante para sinalização de MAPK e PI3K e o seu silenciamento afeta negativamente aspectos que compõem a malignidade de melanomas com a mutação de BRAFV600E.

Previous work by our group identified RMEL3 as a long non-coding RNA (lncRNA) with melanoma enriched expression. In the present work, through the analyses of the melanoma public data of The Cancer Genome Atlas (TCGA), we confirmed RMEL3 enriched expression in melanoma compared to normal tissues and other types of cancers. We identified that melanoma patients bearing the BRAFV600E mutation have a higher RMEL3 expression and have shown that the blockage of this oncoprotein reduces the expression levels of RMEL3 by 60%, revealing the activated BRAF as an upstream regulator of this lncRNA. RMEL3 shRNA-mediated silencing drastically reduced colony formation (90%) and migration (85%) in the A375 melanoma cell line, which is supported by data showing higher RMEL3 expression in phenotypically invasive tumors and in tumors at the onset of metastasis. The observed phenotype is, at least partially, explained by the transcriptomic profile associated with this lncRNA, which includes alterations in p53 signaling and epithelial-mesenchymal transition, as well as a strong correlation with components and effectors of the MAPK and PI3K pathways. We identified the existence of different RMEL3 isoforms with distinct intracellular distributions, which support their performance in independent molecular functions. The analysis of the TCGA database revealed the possibility of RMEL3 acting as a sponge for microRNAs favoring the expression of protumorigenic genes like FGF2 and Bcl-2 and, in addition, the expression of RMEL3 was shown to be strongly correlated with a genome hypermethylation and appears to counterbalance BRAFV600E-induced hypomethylation, affecting different targets. Futhermore, the pulldown assay of the RMEL3 native transcript followed by mass spectrometry identified a number of RMEL3 binding proteins involved in processes that are known to support tumor progression, such as glycolysis and the MAPK pathway. Thus, the TCGA patient data set and functional data demonstrate that RMEL3 is important for MAPK and PI3K signaling and its silencing negatively affects aspects that support the malignancy of melanomas harboring the BRAFV600E mutation.