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Doctoral Thesis
DOI
Document
Author
Full name
Talita de Castro Alves
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2018
Supervisor
Committee
Gallottini, Marina Helena Cury (President)
Malamud, Daniel
Sabalza, Maite
Silva, Paulo Henrique Braz da
Title in Portuguese
Rápido diagnóstico do Zika vírus na saliva e na urina através da amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP)
Keywords in Portuguese
Diagnóstico
Flavivírus
LAMP
RNA
Saliva
Zika vírus
Abstract in Portuguese
O Zika vírus (ZIKV) é um vírus RNA de fita única, pertencente à família Flaviviridae. É transmitido entre os humanos geralmente pelos mosquitos da espécie Aedes, mas transmissão via sexual, perinatal e por transfusão sanguínea também foram relatadas. Os sintomas aparecem em 20% dos indivíduos infectados e incluem febre, dor de cabeça, rash cutânea, conjuntivite, mialgia e artralgia. Em 2016, durante a grande epidemia do ZIKV pelas Américas, o interesse pelo seu diagnóstico rápido se intensificou, devido a relação do vírus com o aumento da incidência de casos da síndrome de Guillain-Barré em adultos e da microcefalia em recém nascidos de mulheres grávidas infectadas. De acordo com o CDC (Center for Disease Control and Prevention) o diagnóstico dos pacientes sintomáticos deve ser realizado através da detecção dos ácidos nucleicos do vírus por PCR (Polymerase chain reaction) em amostras pareadas de sangue e urina. Estudos recentes têm postulado que a saliva é uma alternativa importante para detecção do ZIKV. A saliva requer menor complexidade no processamento quando comparada ao sangue, simplificando a reação. A amplificação Isotérmica mediada por Loop (LAMP) é um teste sorológico de alta sensibilidade e especificidade para detectar rapidamente DNA ou RNA de patógenos, incluindo o ZIKV. O fato de não requerer ciclos térmicos como o PCR, faz do LAMP uma reação mais simples, rápida e mais econômica por exigir menos energia. O objetivo deste estudo foi de avaliar e comparar a eficácia da saliva e da urina em diagnosticar a infecção pelo Zika vírus em indivíduos na fase aguda da doença, através da detecção do RNA viral por meio do LAMP. Ao todo, 131 amostras (68 saliva e 63 urina) de 69 indivíduos brasileiros apresentando sinais e sintomas específicos e confirmados positivamente para o ZIKV através da análise do sangue por PCR, foram coletadas e analisadas por LAMP. A média de idade dos indivíduos foi de 34,7 (±13,6), sendo 46 (66,7%) do sexo feminino. Das 68 amostras de saliva analisadas por LAMP, 45 (66,2%) foram positivas para o ZIKV com o Tempo de positividade (Tp) médio de 13,5 minutos. Enquanto que das 63 amostras de urina, 25 (39,7%) foram positivas com o Tp médio de 15,8 minutos. A saliva pôde diagnosticar mais indivíduos (p=0.0042) e em menor Tp (p=0.0176) quando comparada à urina. A saliva demonstrou ser uma alternativa viável no diagnóstico da infecção do ZIKV, em indivíduos na fase aguda da doença, através do LAMP. Nossos achados contribuem para o conhecimento do comportamento do Zika vírus no organismo, uma vez que pouco se conhece em relação à excreção do ZIKV na saliva.
Title in English
Rapid diagnosis of Zika virus through saliva and urine by Loopmediated Isothermal Amplification (LAMP)
Keywords in English
Aedes
Dengue
Flavivirus
Infection
LAMP
Polymerase chain reaction
RNA
Saliva
Virology
Zika
Abstract in English
Zika virus (ZIKV) is a single-stranded RNA virus, member of the Flaviviridae family. It is transmitted among humans usually by Aedes mosquito species, but sexual transmission, perinatal and blood transfusion have also been reported. Symptoms appear in 20% of infected individuals and include fever, cutaneous rash, headache, conjunctivitis, myalgia and arthralgia. In 2016, during the Americas ZIKV outbreak, the interest in a rapid diagnosis intensified due to a sudden increase in cases of Guillain-Barré syndrome in adults and microcephaly in newborns of infected pregnant women related with ZIKV. According to CDC (Center for Disease Control and Prevention) the diagnosis of symptomatic patients should be done through nucleic acid detection by PCR (Polimerase Chain Reaction) in paired samples of blood and urine. Recent studies have reported that saliva can be an important alternative to detect ZIKV. Saliva requires less processing than blood, which greatly simplifies the assay process. Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) is a molecular test with high sensibility and specificity for rapid detection of DNA or RNA of pathogens, including ZIKV. The fact that LAMP does not require thermal cycling makes the assay simple, fast and cost effective compared to PCR assay. The aim of this study was to evaluate the efficacy of saliva and urine to diagnose ZIKV infection in subjects during the acute phase, through ZIKV RNA detection by LAMP. A total of 131 samples (68 saliva and 63 urine) from 69 subjects in the acute phase of ZIKV infection and confirmed positive for ZIKV by blood analysis through PCR were collected and analyzed by LAMP. The mean age of the individuals was 34.7 (±13,6) years old, of whom 46 (66.7%) were females. From the 68 saliva samples, 45 (66.2%) were positive for ZIKV with an average time to positivity (Tp) of 13.5 minutes, and from the 63 urine samples, 25 (39.7%) were positive with an average Tp of 15.8 minutes. Saliva detected more samples (p=0.0042) and had faster Tp (p=0.0176) as compared to urine. Thus, saliva proved to be a feasible alternative for diagnosis of ZIKV infection during the acute phase by LAMP. The findings of this study can contribute to the knowledge of the Zika virus behavior in the human organism, since this issue is not totally understood.
 
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Publishing Date
2019-05-24
 
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