Estudamos os cariótipos de 50 espécimes (22 machos e 28 fêmeas) de Alouatta clamitans (bugio-ruivo) com técnicas citogenéticas tradicionais e de FISH com as sondas de pintura de todos os cromossomos humanos. Para os machos, foram observados dois números diploides diferentes (2n=45 e 49), com a ausência aparente do cromossomo Y devido à translocação Y-autossomo, e sete fórmulas cromossômicas distintas, com 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 24 cromossomos metacêntricos ou submetacêntricos e 21, 27, 28, 29, 30, 31 ou 32 cromossomos acrocêntricos. Para as fêmeas encontramos uma maior variabilidade no número diploide (2n=46, 48 e 50) e cinco fórmulas cromossômicas distintas, com 20, 22, 23 ou 25 cromossomos metacêntricos ou submetacêntricos e 21, 25, 27, 28 ou 30 cromossomos acrocêntricos. Os cromossomos X eram submetacêntricos, com exceção de duas fêmeas que apresentaram heteromorfismo neste par, com um dos cromossomos submetacêntrico e o outro metacêntrico. O sexo dos espécimes foi confirmado pela análise dos cariótipos. Pares heteromórficos autossomos também foram verificados. Dentre os indivíduos procedentes da Grande São Paulo, foram observadas as mesmas fórmulas cromossômicas em espécimes oriundos de diferentes fragmentos florestais, indicando que a fragmentação ainda não levou ao isolamento genético destas populações. A redução do número diploide orientada no sentido norte-;sul foi corroborada, com espécimes procedentes do estado de São Paulo apresentando 2n=49 ou 50 além de um exemplar do extremo sul deste estado com 2n=48 e os demais indivíduos oriundos de Santa Catarina com 2n=45 ou 46. Com a aplicação das técnicas de bandamento GTG e de FISH, foi possível verificar o sistema sexual múltiplo da espécie, do tipo X1X1X2X2X3X3/X1X2X3Y1Y2. Esta é a primeira descrição citogenética molecular com a hibridação de todas as sondas de cromossomos humanos em exemplares desta espécie com 2n=48, 49 e 50. Alguns cromossomos que apresentaram diferentes morfologias entre os espécimes analisados e foram responsáveis pelas diferentes fórmulas cromossômicas observadas, apresentaram regiões que não foram hibridadas por quaisquer sondas humanas. A partir da técnica de FISH foi possível determinar que o exemplar fêmea com 2n=48 é resultante do acasalamento de indivíduos portadores de diferentes cariótipos, com um dos genitores com o número diploide típico de espécimes procedentes da região sul (2n=45 ou 46) e o outro típico de espécimes procedentes da região sudeste do Brasil (2n= 49 ou 50). Este padrão levaria à formação de dois trivalentes durante a divisão meiótica, com implicações causadas para a formação dos gametas que poderiam reduzir ou impedir a fertilidade dos indivíduos portadores deste cariótipo, constituindo um mecanismo de isolamento pós−zigótico e indicando que as populações do sudeste e sul do Brasil já estão isoladas a ponto de constituírem espécies diferentes. Também analisamos com citogenética tradicional e com a hibridação de todas as sondas de cromossomos humanos um exemplar que foi apreendido pelo IBAMA e entregue ao DEPAVE-3 e que apresentou características morfológicas divergentes das encontradas para Alouatta clamitans. Os dados nos levaram a concluir que este indivíduo é um representante de Alouatta ululata, sendo esta a primeira descrição cariotípica desta espécie, restrita geograficamente ao norte do estado do Maranhão, Piauí e Ceará. Sendo assim, a citogenética se mostrou uma importante ferramenta para a identificação da espécie e da correta origem geográfica dos indivíduos, além de ter contribuído para evitar a introdução na fauna do município de São Paulo de um exemplar não endêmico desta região. Contribuímos também para a reintrodução de outros indivíduos que fizeram parte do Projeto “Manejo e Conservação do Bugio, Alouatta clamitans (Primates, Atelidae) na Região Metropolitana de São Paulo: aprimorando o programa de reintrodução”, em parceria com o DEPAVE-3.

We studied the karyotypes of 50 specimens (22 males and 28 females) of Alouatta clamitans (brown howler monkey) with traditional and FISH cytogenetic techniques with painting probes of all human chromosomes. For the males were observed two different diploid number (2n=45 and 49), with the apparent absence of Y chromosome due to translocation Y-autosome and seven distinct chromosomal formulas, with 17, 18, 19, 20, 21, 22 or 24 biarmed chromosomes and 21, 27, 28, 29, 30, 31 or 32 acrocentric chromosomes. For females we found greater variability in the diploid number (2n = 46, 48 and 50) and five distinct chromosomal formulas, 20, 22, 23 or 25 biarmed chromosomes and 21, 25, 27, 28 or 30 acrocentric chromosomes. The X chromosomes were submetacentric, except for two females who had heteromorphic pairs, with one of submetacentric chromosomes and the other metacentric. Autosomes heteromorphic pairs were also observed. Among the coming individuals in the Grande São Paulo, the same chromosomal formulas in specimens from different forest fragments were observed, indicating that fragmentation has not yet led to genetic isolation these populations. The reductions of diploid number oriented in north−south direction was observed, with coming state specimens from São Paulo presented 2n=49 or 50 as well as an extreme Southern copy of this state with 2n=48 and other individuals from Santa Catarina with 2n=45 or 46. We verified the multiple sex chromosome system X1X1X2X2X3X3/X1X2X3Y1Y2. This is the first description of hybridization with all human chromosomes painting probes in specimens with 2n=48, 49 and 50. It was also determined that the female specimen with 2n=48 is the result of the mating of individuals with different karyotypes, with one parent with the typical diploid number of specimens coming from the South (2n=45 or 46) and other typical specimens coming from the Southeast of Brazil (2n=49 or 50). This standard would lead to the formation of two trivalent during meiotic division, with implications due to the formation of gametes that could reduce or prevent the fertility of individuals of this karyotype, being a post−zygotic isolation mechanism and indicating that the southeastern and southern Brazil populations are already isolated enough to constitute different species. We also analyze a specimen that was seized by IBAMA and delivered to DEPAVE-3 and presented different morphological characteristics found to Alouatta clamitans, the species occurring in the supposed geographic region origin of this specimen (Ibiúna/SP). This individual was classified as Alouatta ululata, geographically restricted to the northern state of Maranhão, Piauí and Ceará. Thus, karyological studies proved an important tool for species identification and the correct geographic origin of individuals. We also contributed to reintroducing individuals who were part of the project “Manejo e Conservação do bugio Alouatta clamitans (Primates, Atelidae) na Região Metropolitana de São Paulo: aprimorando o programa de reintrodução” in partnership with the DEPAVE−3.