O câncer de mama (CM) é uma doença complexa que resulta da interação sinérgica de fatores genéticos e ambientais. Embora a maioria dos casos sejam esporádicos e decorram do acúmulo de mutações genéticas em células somáticas ao longo da vida, estima-se que 5 a 10% dos casos tenham um forte componente genético em linhagem germinativa que aumenta a probabilidade de desenvolver CM. Alguns genes de predisposição ao CM bem estabelecidos, como BRCA1 e BRCA2, são frequentemente investigados em pacientes de alto risco (por exemplo, múltiplos parentes afetados ou com diagnóstico precoce). No entanto, uma proporção substancial de casos de CM hereditário permanece sem uma etiologia genética determinada. Para abordar esta lacuna de conhecimento e descobrir novos genes de predisposição ao CM, conduzimos um estudo baseado na análise de sequenciamento de exoma (SE) de famílias em uma coorte de descoberta integrada a uma fase de validação independente em um grupo composto por mulheres com CM de diferentes nacionalidades. A priorização das variantes candidatas baseou-se na qualidade, frequências populacionais, previsão do impacto na função proteica e análise de segregação entre as mulheres afetadas nas famílias. Na fase de descoberta, identificamos pela análise SE 38 genes candidatos contendo 38 variantes únicas prováveis deletérias. Esta coorte avaliada compreendeu oito famílias brasileiras com 29 mulheres com histórico de CM, todas negativas para variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas em genes de predisposição conhecidos. Dentre os genes candidatos, SMARCA4, RAD54L2 e SHQ1 se destacam por suas funções biológicas. SMARCA4 emergiu como o candidato mais promissor, uma vez que é um gene conhecido para predisposição de tumores rabdóides e câncer de ovário, e participa de processos como crescimento celular e reparo de danos no DNA. Em uma fase de validação independente, variantes deletérias em SMARCA4 foram investigadas em dados NGS de três coortes diferentes: a) mulheres brasileiras com diagnóstico de CM (n = 291); (b) mulheres polonesas não aparentadas com CM familiar (n = 510); e (c) mulheres canadenses com diagnóstico de CM com 40 anos ou menos (n = 815). Posteriormente, realizamos um estudo de associação usando uma abordagem de caso-controle no banco de dados UK Biobank, com dados genômicos de mulheres com e sem câncer de mama (14.130 casos e 162.980 controles). Nós descobrindo uma associação entre variantes raras de perda de função em SMARCA4 e risco de CM (odds ratio = 4.94, IC 95% = 0.05-1.28, P = 0.006). As coortes da fase de validação independente foram avaliadas em colaboração com a Dra. Dirce Maria Carraro, pesquisadora do A.C. Camargo Cancer Center, e durante um estágio de seis meses no Women's College Hospital, instituição associada à Universidade de Toronto. Este estágio foi supervisionado pelo Dr. Mohammad Reza Akbari e em colaboração com o Dr. Steven Narod, ambos professores da Universidade de Toronto. Esta é a primeira associação proposta entre variantes de perda de função em SMARCA4 e predisposição ao CM, como um gene de predisposição de penetrância moderada. Sugerimos que estes resultados apoiem a investigação de SMARCA4 como um novo gene de predisposição para CM, tanto num ambiente de investigação básica como em testes genéticos oferecidos a pacientes de alto risco. Portanto, nossos resultados têm um potencial significativo para melhorar a compreensão na área e também para melhorar o manejo clínico informado e o aconselhamento genético no futuro.

Breast cancer (BC) is a complex disease that results from the synergic interaction of genetic and environmental factors. While most cases are sporadic and emerge from an accumulation of genetic mutations in somatic cells throughout life, it is estimated that 5 to 10% of cases have a strong germline genetic component that increases the likelihood of developing BC. Some well-established BC predisposing genes, such as BRCA1 and BRCA2, are frequently investigated in high-risk patients (e.g., multiple affected relatives or with early onset diagnosis). However, a substantial proportion of hereditary BC cases remain without a determined genetic etiology. To address this knowledge gap and uncover novel BC predisposing genes, we conducted a study based on family-based exome sequencing (ES) analysis in a discovery cohort integrated with an independent validation phase in a group composed of women with BC from different nationalities. Candidate variant prioritization was based on quality, populational frequencies, prediction of impact in protein function, and segregation analysis among the affected women within the families. In the discovery phase, we identified by ES analysis 38 candidate genes harboring 38 unique likely deleterious variants. This evaluated cohort comprised eight Brazilian families with 29 women with a BC history, all negative for pathogenic or likely pathogenic variants in known predisposing genes. Among the candidate genes, SMARCA4, RAD54L2, and SHQ1 stand out because of their biological functions. SMARCA4 emerged as the most promising candidate, since it is a known gene for rhabdoid and ovary cancer predisposition, and participates in processes such as cell growth and DNA damage repair. In an independent validation phase, the SMARCA4 was screened for deleterious variants in NGS data from three different cohorts: a) Brazilian women with BC diagnosis (n = 291); (b) unrelated Polish women with familial BC (n = 510); and (c) Canadian women with BC diagnosis aged 40 or younger (n = 815). Following, we performed an association study using a case-control approach on the UK Biobank database of females with and without BC (14,130 cases and 162,980 controls), uncovering an association between rare loss-of-function (LoF) SMARCA4 variants and BC risk (odds ratio = 4.94, 95% CI = 0.05-1.28, P = 0.006). The independent validation phase cohorts were assessed in collaboration with Dr. Dirce Maria Carraro, a researcher at the A.C. Camargo Cancer Center, and during a six-month internship at the Women's College Hospital, an institution fully associated with the University of Toronto. This internship was supervised by Dr. Mohammad Reza Akbari and in collaboration with Dr. Steven Narod, both professors at the University of Toronto. This is the first proposed association between LoF SMARCA4 variants and predisposition to BC, as a moderate penetrance susceptibility gene. We suggest that these findings support the investigation of SMARCA4 as a novel BC predisposition gene, both in a basic research setting as well as in genetic testing offered to high-risk patients. Therefore, our results hold significant potential to enhance the understanding in the field and also to improve informed clinical management and genetic counseling in the future.