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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.41.2020.tde-06112019-110843
Documento
Autor
Nome completo
Annelise Frazão Nunes
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2019
Orientador
Banca examinadora
Lohmann, Lucia Garcez (Presidente)
Costa, Suzana Maria dos Santos
Forzza, Rafaela Campostrini
Simões, André Olmos
Título em português
Sistemática de Tanaecium Sw. emend L.G. Lohmann (Bignonieae, Bignoniaceae)
Palavras-chave em português
Amazônia
Filogenômica
Lianas
Neotrópicos
Taxonomia
Resumo em português
Tanaecium Sw. emend L.G. Lohmann é um gênero monofilético de lianas neotropicais pertencente à tribo Bignonieae (Bignoniaceae). O gênero é caracterizado por uma mistura de gemas axilares com profilos em formato tanto subulados quanto em rosetas (bromeliad-like), sendo uma sinapomorfia morfológica putativa. Na sinopse mais recente de Tanaecium, 17 espécies foram reconhecidas; trabalhos subsequentes incluíram quatro novas espécies ao gênero, elevando para 21 espécies em Tanaecium. Apesar de alguns estudos filogenéticos terem amostrado representantes de Tanaecium no passado, estes estudos não focaram em reconstruir a filogenia de Tanaecium e, com isso, as relações taxonômicas e filogenéticas entre suas espécies persistem incertas. Os componentes taxonômicos desta tese resultaram em: (i) descrição de uma nova espécie (Tanaecium decorticans Frazão & L.G. Lohmann), (ii) combinação de uma espécie em Fridericia (i.e., Fridericia mutabilis (Bureau & K. Schum.) Frazão & L.G. Lohmann, (iii) elucidação da tipificação do gênero, e (iv) sinopse revisada que trata todas as 21 espécies reconhecidas para Tanaecium. O componente filogenético desta tese combinou bancos de dados de Sanger e sequenciamento em larga escala (HTS) para reconstruir a filogenia mais abrangente do gênero até o presente. Essa filogenia foi baseada em sequências de 28 plastomas (16 Tanaecium e 12 grupos-externo) e 176 sequências geradas com Sanger para três marcadores moleculares (i.e., ndhF, rpl32-trnL e pepC), representando 92 indivíduos e 17 espécies de Tanaecium. Os 16 plastomas de Tanaecium montados neste estudo revelaram cinco diferentes padrões de organização de regiões de cópia única maior (LSC), cópias invertidas e repetidas (IR) e cópia única menor (SSC). Adicionalmente, quarto principais mudanças nos limites das IRs foram encontradas, com contrações das IRs associadas à expansões das SSC e LSC. As topologias reconstruídas usando os três bancos de dados montados neste estudo (i.e., Sanger, plastomas e Sanger e plastomas combinados) reconstruíram quatro grandes clados no core Tanaecium. A topologia reconstruída a partir das análises de dados combinados de plastoma e Sanger recuperou a filogenia melhor resolvida e suportada de Tanaecium até o momento. Esta tese destaca a importância de estudos aprofundados de linhagens individuais, incluindo estudos detalhados em taxonomia, distribuição e relações evolutivas, para o entendimento da compisição de biotas de regiões megadiversas tais como o Neotrópico
Título em inglês
Systematics of Tanaecium Sw. emend L.G. Lohmann (Bignonieae, Bignoniaceae)
Palavras-chave em inglês
Amazonia
Lianas
Neotropics
Phylogenomic
Taxonomy
Resumo em inglês
Tanaecium Sw. emend L.G. Lohmann is a monophyletic genus of Neotropical lianas within the tribe Bignonieae (Bignoniaceae). The genus is characterized by mixed subulate and bromeliad-like prophylls of the axillary buds, putative morphological synapomorphy. In the most recent synopsis of Tanaecium, 17 species were recognized; subsequent works included four new species into the genus leading to 21 species in Tanaecium. Even though some phylogenetic studies sampled representatives of Tanaecium in the past, these studies were not focused on reconstructing the phylogeny of Tanaecium as whole and phylogenetic relationships among its species remain unclear. In this thesis I undertook taxonomic and phylogenetic studies to better understand the systematics and evolution of Tanaecium. The taxonomic component of this thesis resulted in: (i) the description of one new species (Tanaecium decorticans Frazão & L.G. Lohmann), (ii) the combination of one species in Fridericia (i.e., Fridericia mutabilis (Bureau & K. Schum.) Frazão & L.G. Lohmann, (iii) the elucidation of the genus typification, and (iv) a revised synopsis that treated all 21 species for Tanaecium recognized. The phylogenetic component of this thesis combined Sanger and High-Throughput Sequencing (HTS) datasets to reconstruct the most comprehensive phylogeny of the genus to date. This phylogeny was based on sequences of 28 plastomes (16 Tanaecium and 12 outgroups), and 176 sequences generated with Sanger for three molecular markers (i.e., ndhF, rpl32-trnL, and pepC) representing 92 individuals and 17 species of Tanaecium. The 16 plastomes of Tanaecium assembled in this study revealed five different patterns of organization of the Large Single Copy (LSC), Inverted Repeat (IR), and Small Single Copy (SSC) regions. Additionally, four main IR boundary shifts were found, with contractions of the IRs associated to expansions of the SSC and LSC. The topologies reconstructed using the three datasets assembled in this study (i.e., Sanger, plastome, and combined plastome and Sanger) reconstructed four major clades within the core Tanaecium. The topology reconstructed through the analysis of the combined plastome and Sanger dataset provides the most resolved and supported phylogeny of Tanaecium to date. This thesis highlights the importance of in depth studies of individual lineages, including detailed studies of the taxonomy, distribution, and evolutionary relationships, for the understanding of the assembly of the biotas of megadiverse regions such as the Neotropics
 
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Data de Liberação
2021-11-05
Data de Publicação
2020-01-13
 
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