Táxons no nível de espécie e subespécie são fundamentais para muitas pesquisas na biologia, de modo que uma taxonomia precisa é crucial para várias disciplinas biológicas. Muitos táxons existentes, entretanto, foram descritos antes do estabelecimento dos critérios atualmente aceitos para o seu reconhecimento, ressaltando assim a necessidade da revisão taxonômica. A família Thamnophilidae tem passado por considerável progresso taxonômico, impulsionado em grande parte por um entendimento refinado sobre os caracteres que melhor indicam divergência de linhagens e isolamento reprodutivo. Apesar destes avanços, ainda existem muitos táxons de thamnofilídeos que não foram revistos à luz deste entendimento refinado sobre a diversificação da família Thamnophilidae. A choquinha-lisa (Dysithamnus mentalis) e a choca-da-mata (Thamnophilus caerulescens) destacam-se como excelentes candidatos à revisão taxonômica. Ambos apresentam uma quantidade impressionante de variação geográfica na plumagem, que se reflete em respectivamente dezoito e doze subespécies descritas. Ambos foram historicamente tratados como compreendendo uma ou várias espécies, e atualmente não se sabe até que ponto suas populações diferenciadas existem como agrupamentos nitidamente separados ou contínuos de variação que foram categorizados arbitrariamente. Apesar da reconhecida importância do isolamento pré-zigótico mediado por divergência em vocalizações e do isolamento pós-zigótico na especiação dos thamnofilídeos, faltam caracterizações abrangentes da variação vocal e da estrutura genética em toda a distribuição geográfica da choquinha-lisa e da choca-da-mata. Aqui, eu integrei dados morfológicos, vocais e genômicos para caracterizar a variação geográfica e a estrutura genética populacional da choquinha-lisa e da choca-da-mata. Em D. mentalis, eu identifiquei 1214 populações fenotipicamente distintas que formam seis agrupamentos genômicos nucleares. Em contraste com seu fenótipo e genoma nuclear geograficamente estruturados, o complexo D. mentalis não apresenta estruturação geográfica de haplótipos mitocondriais. A minha análise também revelou várias zonas híbridas e sugere que o isolamento reprodutivo pré-zigótico é no geral fraco ou inexistente entre a maioria das linhagens, apoiando assim em grande medida a classificação do complexo como uma única espécie biológica. Em T. caerulescens, eu encontrei nove populações fenotipicamente distintas, incluindo sete táxons previamente reconhecidos e dois descritos aqui. Meus resultados estabelecem que uma linhagem do complexo, T. c. cearensis, é substancialmente isolada reprodutivamente de todas as outras e, portanto, é melhor tratada como uma espécie biológica separada. As demais populações do complexo mostraram baixos níveis de isolamento reprodutivo e são, portanto, mantidas como membros de uma única espécie. Algumas apresentam níveis substanciais de divergência genética que pode justificar o reconhecimento como espécies separadas após uma investigação mais aprofundada das zonas de contato aqui identificadas. No geral, meus resultados avançam significativamente a nossa compreensão da variação geográfica e estrutura populacional dos complexos D. mentalis e T. caerulescens e fornecem novas hipóteses para a ciência a jusante.

Species and subspecies taxa are foundational to much biological research, making accurate taxonomy crucial across various biological disciplines. Many existing taxa, however, predate modern standards, underscoring the critical need for taxonomic revision. The speciose avian family Thamnophilidae has seen considerable taxonomic progress, driven largely by new insights into traits that indicate lineage divergence and affect reproductive isolation. Despite these advancements, many thamnophilid taxa remain that have not yet been thoroughly revised in light of these insights. The Plain Antvireo (Dysithamnus mentalis) and Variable Antshrike (Thamnophilus caerulescens) stand out as prime candidates for taxonomic revision within the family. They have unusually great amounts of geographic plumage variation, reflected in as many as eighteen and twelve described subspecies, respectively. They have each variably been treated as comprising either a single or multiple species taxa, and it is presently unclear to what extent their differentiated populations exist as discrete clusters versus as continua. Critically, despite the recognized importance of premating isolation mediated by divergence in vocalizations and postmating isolation in thamnophilid speciation, comprehensive characterizations of vocal variation and genetic structure across their entire ranges are lacking. Here, I combined morphological, vocal, and genomic data to characterize geographic variation and population genetic structure in the Plain Antvireo and Variable Antshrike. For D. mentalis, I identified 1214 phenotypically diagnosable populations forming six distinct nuclear genomic clusters. In contrast with its geographically structured phenotype and nuclear genome, the D. mentalis complex exhibits no geographic structuring of mitochondrial haplotypes. My analysis also uncovered several previously unrecognized hybrid zones and suggest that premating reproductive isolation is generally weak or nonexistent among most lineages, thus largely supporting their continued classification as a single biological species. For T. caerulescens, I found nine phenotypically distinct populations, including seven previously recognized taxa and two newly described ones. My results establish that one lineage (T. c. cearensis) has evolved substantial reproductive isolation from all others in the complex and is thus best treated as a separate biological species. The remaining populations of the Variable Antshrike showed low levels of reproductive isolation and are therefore kept as members of a single species, although some show genome-wide divergence that could justify future species status upon further investigation of newly identified contact zones. In general, my results significantly advance our understanding of the geographic variation and population structure of the D. mentalis and T. caerulescens complexes and provide novel working hypotheses for downstream science.