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Tese de Doutorado
DOI
10.11606/T.42.2016.tde-08112016-162202
Documento
Autor
Nome completo
Almir José Ferreira
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2016
Orientador
Banca examinadora
Araujo, Welington Luiz de (Presidente)
Correa, Benedito
Favaro, Leia Cecilia de Lima
Ishida, Kelly
Verdi, Maria Carolina Quecine
Título em português
Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário.
Palavras-chave em português
Epicoccum nigrum
Anotação
Bioinformática
Genoma
Metabólitos secundários
Transcriptoma
Resumo em português
O fungo endofítico Epicoccum nigrum atua no biocontrole de fitopatógenos e produz uma série de compostos com de interesse biotecnológico como antimicrobianos. Neste trabalho, foi utilizado um conjunto de sequências genômicas previamente montadas. As sequências foram anotadas para compreensão funcional utilizando a plataforma EGene2 incluindo alguns componentes específicos desenvolvido neste trabalho. Foram estimados 10.320 genes codificadores de proteínas, além de tRNAs, rRNAs e ncRNAs. As proteínas preditas foram comparadas aos proteomas de outros fungos e comparadas filogeneticamente. Além disso, foi desenvolvido Synteny Clusters, um programa que compara clusters de genes de metabólitos secundários aos de outros fungos. E. nigrum apresenta grande similaridade com outros fungos com estilo de vida distinto. Foram identificados três clusters de genes relacionados a doenças que estão presentes em fitopatógenos e ausentes em E. nigrum. Os resultados sugerem que as diferenças entre endófitos e fitopatógenos pode estar relacionada a um pequeno número de genes.
Título em inglês
Analysis and annotation of Epicoccum nigrum genome and secondary metabolism.
Palavras-chave em inglês
Epicoccum nigrum
Annotation
Bioinformatics
Genome
Secondary metabolites
Transcriptome
Resumo em inglês
The endophytic fungus Epicoccum nigrum has been used for plant pathogen biocontrol in different host plants, since it produces a series of secondary metabolites of biotechnological interest, including antimicrobials. In this regard, we used assembled 454 sequencing dataset was used to perform a comprehensive functional annotation using the EGene2 platform, including some specific components developed in this work. We found 10,320 protein coding genes as well as tRNAs, rRNAs and ncRNAs. The predicted proteins were compared to proteomes of other fungi and used in phylogenetic analyses. In addition, we developed Synteny Clusters, a program that compares gene clusters with others fungi. E. nigrum presents a genome very similar to others fungi with distinct lifestyles. Finally, we identified three disease-related gene clusters that are absent in E. nigrum and present in most plant pathogenic fungi. This result suggests that the lifestyle differences observed between endophytic and pathogenic fungi may rely on a relatively low number of genes.
 
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Data de Publicação
2016-11-08
 
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