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Tesis Doctoral
DOI
10.11606/T.43.1998.tde-21022014-174534
Documento
Autor
Nombre completo
Marta Maria Cassiano
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
São Paulo, 1998
Director
Tribunal
Bisch, Paulo Mascarello (Presidente)
Areas, Jose Alfredo Gomes
Freitas, Luiz Carlos Gomide
Ortmans, Isabelle
Ruggiero, José Roberto
Título en portugués
Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente
Palabras clave en portugués
Biologia molecular
Matéria condensada
Resumen en portugués
O programa THOR de dinâmica e mecânica molecular foi aprimorado com a introdução de técnicas que permitem a modelagem de sistemas biomoleculares na presença do solvente representado explicitamente. Essas técnicas incluem o emprego de condições de contorno periódicas, raio de corte, potencial eletrostático modificado e método shake para vínculos de distância. Além disso, a técnica da lista de vizinhos foi implementada devido ao grande aumento no número de átomos do sistema, pela inclusão explícita do solvente. Alguns sistemas foram modelados e a influência do solvente sobre suas propriedades conformacionais foi analisada, respondendo às expectativas baseadas em previsões teóricas e evidências experimentais.
Título en inglés
Dynamics Biomolecules Water Simulations Explicit Representation Solvent
Palabras clave en inglés
Condensed matter
Molecular biology
Resumen en inglés
The computational package THOR for molecular mechanic and dynamics simulation was improved by the introduction of techniques for modeling of biomolecular systems with explicit representation of solvent molecules. Those techniques include the application of periodic boundary conditions, the use of a cut-off sphere for the potential, with modifications in the electrostatic potential, and the utilization of the method shake to impose distance constraints. Furthermore, a neighbours list was implemented, due to the high number of atoms to be dealt with when the solvent is explicity represented. Simulations were performed on some systems of biological interest, and the influence of the solvent on their conformational properties was analysed. The results are in good agreement with theoretical previsions and experimental data.
 
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39942CassianoMaria.pdf (928.41 Kbytes)
Fecha de Publicación
2014-02-24
 
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