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Thèse de Doctorat
DOI
https://doi.org/10.11606/T.45.2002.tde-20210729-131306
Document
Auteur
Nom complet
Carlos Eduardo Rodrigues Alves
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2002
Directeur
Titre en portugais
Algoritmos paralelos de granularidade grossa para problemas de alinhamento de cadeias
Mots-clés en portugais
Arquiteturas E Programação Paralelas
Resumé en portugais
Problemas de alinhamento de cadeias são fundamentais em aplicações diversas, das quais se destacam as relacionadas à Biologia Molecular. O alinhamento de duas cadeias A e B indica quão semelhantes elas são ou quais operações são necessárias para transformar uma em outra. Uma variação do problema de alinhamento de cadeias envolve comparar a cadeia A com todas as subcadeias de B. Para este problema, são conhecidos algoritmos seuqenciais que o resolvem em tempo O(|A||B|log(|A|+|B|)), um dos quais é apresentado nesta tese. É também apresentado um algoritmo seqüencial de tempo O(|A||B|) para um caso especial de alinhamento de todas as subcadeias, que envolve a busca pela maior subseqüência comum a duas cadeias. Propomos novos algoritmos paralelos para estes problemas, utilizando um modelo próprio para máquinas de memória distribuída, o CGM (Coarse Grained Multicomputers). Um dos objetivos fundamentais no desenvolvimento de algoritmos CGM é a redução do número de rodadas de comunicação, se possível tornando-o dependente apenas do número de processadores (p). Os algoritmos aqui propostos apresentam aceleração (speed-up) linear e apenas O(log p) etapas de comunicação. Não há algoritmos do nosso conhecimento com tais características na literatura
Titre en anglais
not available
Resumé en anglais
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Date de Publication
2021-07-29
 
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