Um dos grandes desafios atuais na área de Biologia Molecular Computacional é a manipulação de estruturas heterogêneas. Basicamente, podemos dividir este ambiente heterogêneo em dois conjuntos semanticamente distintos: dados e aplicações. A heterogeneidade de dados é representada pela variação estrutural das fontes de dados que armazenam informações biológicas. O crescente volume de dados, sem padronização, tem dificultado cada vez mais a elaboração de estudos conclusivos. A heterogeneidade de aplicações trata as diferenças semânticas e estruturais de um conjunto de implementações algorítimicas (aplicações) utilizadas nas análises dos dados. Nossa pesquisa apresenta uma alternativa para integração de dados e aplicações que usa um ambiente para controle automatizado de um fluxo de execução. Tal controle otimiza o processo computacional de descoberta de conhecimento. Definimos nesse trabalho um metadados para a integração e gerenciamento de dados heterogêneos. Para controlar a heterogeneidade das aplicações definimos um conjunto de operadores para criar um fluxo consecutivo mencionado neste trabalho de gen-pipe

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