A Biologia é uma ciência rica em informações, que depende do conhecimento. Ela se apresenta como um banco de conhecimento em que os biólogos adicionam mais conhecimento, já que um biólogo frequentemente utiliza-se de conhecimento pré-existente para inferir sobre o assunto pesquisado. Essas informações são geralmente difíceis de serem representadas, devido à sua natureza por vezes incerta, incompleta, esparsa e em constante mudança. a partir disto surgem várias questões, em particular, como o conhecimento pode ser guardado de forma que seja utilizável por aplicativos. Uma das respostas a esta qustão é o uso de ontologias para descrever este conhecimento. Essa dissertação visa apresentar diversos conceitos relativos a ontologias, iniciando com os conceitos básicos de definição e utilidade, o que é e o que não é uma ontologia, além de suas aplicações. Depois que algumas ontologias são apresentadas, é feito um estudo sobre as principais linguagens, protocolos e editores para a descrição de ontologias. Então uma ontologia é proposta, norteada pelas diretrizes apresentadas. a partir da construção dessa ontologia, é possível comparar mais profundamente duas linguagens, OWL e PowerLoom, e estabelecer as principais diferenças acarretadas pela escolha de uma ou outra.

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