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Disertación de Maestría
DOI
https://doi.org/10.11606/D.45.2013.tde-20230727-112855
Documento
Autor
Nombre completo
Ígor Bonadio
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
São Paulo, 2013
Director
Título en portugués
Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais
Palabras clave en portugués
Bioinformática
Inferência Estatística
Simulação
Resumen en portugués
A segmentação de sequências é um problema desaFB01ador que pode ser aplicado em diversas áreas de pesquisa. O uso de modelos geradores como Modelo Oculto de Markov (HMM, do inglês Hidden Markov Model) e Modelo Oculto de Markov Generalizado (GHMM, do inglês Generalized Hidden Markov Model) é uma das abordagens mais comuns, entretanto recentemente pesquisas apontam um novo modelo discriminativo promissor chamado Campo Aleatório Condicional. Nesse trabalho desenvolvemos um arcabouço probabilístico orientado a objetos para a implementação de Campos Aleatórios Condicionais de Cadeias Lineares, uma variante que é bastante utilizada na segmentação de sequências. Esse objetivo foi alcançado a partir da extensão do arcabouço probabilístico ToPS, originalmente projetado para HMMs, GHMMs e outros modelos geradores. Nossa implementação conta com algoritmos de inferência eFB01cientes que paralelizam a computação e alcançam tempos de execução competitivos. Focando na facilidade de utilização, nosso arcabouço conta com um interpretador de modelos que permite a deFB01nição e treinamento de Campos Aleatórios Condicionais agilizando a prototipagem e investigação de problemas. Comparamos nossa abordagem com programas já existentes e observamos que nosso arcabouço permite ao usuário maior liberdade na deFB01nição de modelos além de obter melhor desempenho com relação ao tempo de execução.
Título en inglés
not available
Resumen en inglés
not available
 
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BonadioIgor.pdf (3.88 Mbytes)
Fecha de Publicación
2023-07-27
 
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