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Dissertação de Mestrado
DOI
https://doi.org/10.11606/D.45.2013.tde-20230727-112855
Documento
Autor
Nome completo
Ígor Bonadio
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2013
Orientador
Título em português
Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais
Palavras-chave em português
Bioinformática
Inferência Estatística
Simulação
Resumo em português
A segmentação de sequências é um problema desaFB01ador que pode ser aplicado em diversas áreas de pesquisa. O uso de modelos geradores como Modelo Oculto de Markov (HMM, do inglês Hidden Markov Model) e Modelo Oculto de Markov Generalizado (GHMM, do inglês Generalized Hidden Markov Model) é uma das abordagens mais comuns, entretanto recentemente pesquisas apontam um novo modelo discriminativo promissor chamado Campo Aleatório Condicional. Nesse trabalho desenvolvemos um arcabouço probabilístico orientado a objetos para a implementação de Campos Aleatórios Condicionais de Cadeias Lineares, uma variante que é bastante utilizada na segmentação de sequências. Esse objetivo foi alcançado a partir da extensão do arcabouço probabilístico ToPS, originalmente projetado para HMMs, GHMMs e outros modelos geradores. Nossa implementação conta com algoritmos de inferência eFB01cientes que paralelizam a computação e alcançam tempos de execução competitivos. Focando na facilidade de utilização, nosso arcabouço conta com um interpretador de modelos que permite a deFB01nição e treinamento de Campos Aleatórios Condicionais agilizando a prototipagem e investigação de problemas. Comparamos nossa abordagem com programas já existentes e observamos que nosso arcabouço permite ao usuário maior liberdade na deFB01nição de modelos além de obter melhor desempenho com relação ao tempo de execução.
Título em inglês
not available
Resumo em inglês
not available
 
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BonadioIgor.pdf (3.88 Mbytes)
Data de Publicação
2023-07-27
 
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