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Master's Dissertation
DOI
10.11606/D.5.2013.tde-01082013-140016
Document
Author
Full name
Camila da Silva Ferreira
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2013
Supervisor
Committee
Ono, Suzane Kioko (President)
Catapani, Wilson Roberto
Herman, Paulo
Title in Portuguese
Frequência do polimorfismo rs12979860, no gene da IL28B, em pacientes portadores de hepatite C crônica e em controles sadios: nova metodologia de baixo custo e menor tempo para genotipagem
Keywords in Portuguese
Análise custo-benefício
Hepacivirus
Hepatite C crônica/genética
Interferons
Interleucina 28B
Polimorfismo de nucleotídeo único
Técnicas de genotipagem
Abstract in Portuguese
INTRODUÇÃO: Aproximadamente 170 milhões de pessoas são portadores de hepatite C crônica, sendo esta atualmente a principal causa de transplantes hepáticos no mundo. Os pacientes com hepatite crônica C são atualmente tratados com interferon e ribavirina (IFN/RBV). Estudos de associação do genoma associaram à resposta ao tratamento com IFN/RBV a um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) nas proximidades do gene da Interleucina 28B, que codifica a interferona-?. OBJETIVOS: Padronizar nova metodologia de baixo custo e menor tempo de execução para a genotipagem do polimorfismo rs12979860. Investigar a frequência do polimorfismo rs12979860, em uma coorte de pacientes com hepatite crônica C e sua associação com a resposta ao tratamento no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. MÉTODOS: A genotipagem foi realizada, por novo método diagnóstico, PCR multiplex CTPP (confronto de dois pares de iniciadores) e validado através de sequenciamento direto e PCR em tempo real. Um estudo retrospectivo foi realizado em 248 portadores de hepatite C crônica, tratados com interferon e ribavirina; 138 portadores de hepatite C crônica, virgens de tratamento e 240 doadores de sangue. Foi analisado o DNA, dados clínicos e demográficos, juntamente com dados sobre a resposta ao tratamento. RESULTADOS: O método de PCR CTPP foi padronizado e mostrou-se mais rápido e de menor custo comparado ao sequenciamento e PCR em tempo real. Pacientes com resposta virológica sustentada (RVS) apresentaram uma frequência de 33/61 (54,1%) para o genótipo C/C, de 21/61 (34,4%) para o genótipo C/T e 7/61 (11,5%) para o genótipo T/T. Pacientes que não tiveram RVS (Não RVS) apresentam uma frequência de 44/185 (23,8%) para o genótipo C/C, de 102/185 (55,1%) para o genótipo C/T e de 39/185 (21,1%) para o genótipo T/T. Os Não RVS estão associados ao genótipo C/T (p=0,002) e ao genótipo T/T (p=0,001) quanto comparados com o grupo de RVS. CONCLUSÕES: Esta dissertação descreve um método inovador, rápido e de baixo custo, o PCR CTPP, que detecta o polimorfismo rs12979860. O ensaio é internamente controlado e não requer a utilização de endonucleases de restrição ou equipamento especial. O polimorfismo rs12979860 é um preditor significativo da resposta ao tratamento com IFN/RBV em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite C. A genotipagem deste, em conjunto com os indicadores já existentes, pode identificar prováveis não respondedores ao tratamento
Title in English
Frequency of rs12979860 polymorphism in theIL28B gene in patients with chronic hepatitis C and healthy controls: new methodology for low cost and shorter time for genotyping
Keywords in English
Cost-benefit analysis
Genotyping technoues
Hepacivirus
Hepatitis C chronic/genetics
Interferons
Interleukin 28B
Polymorfphism single nucleotide
Abstract in English
INTRODUCTION: Approximately 170 million people are chronic carriers of hepatitis C virus (HCV). Chronic HCV patients are currently treated with pegylated interferon and ribavirin (PEG- IFN/RBV). A genome-wide association with PEG-IFN/RBV treatment response and a single nucleotide polymorphism (rs12979860) has been identified near the interleukin 28B gene that encodes interferon-?-3. AIM: Describe an innovative, fast, and low-cost multiplex polymerase chain reaction with confronting two-pair primers that detects the rs12979860 polymorphism. Investigate the frequency of polymorphism rs12979860, among patients with chronic hepatitis C and association with to response treatment at the Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. METHODS: Genotyping was performed by new diagnostic method, multiplex PCR CTPP (confronting two-pairprimers) and validated by direct sequencing and real time PCR. Retrospective study was conductedin 248 patients with hepatitis C chronic treated with interferon and ribavirin, 138 patients with chronic hepatitis C treatment-naïve and 240 blood donors. We analyzed DNA, clinical and demographic data, along with data onthe response to treatment. RESULTS AND CONCLUSIONS: The CTPP method was standardized and proved faster and lower cost compared to sequencing andreal time PCR. Patients with sustained virologic response (SVR) showed a frequency of 33/61 (54.1%) for the genotype C/C of 21/61 (34.4%) for the genotype C/T and 7/61 (11.5%) for genotype T/T. Patients with out sustained virologic response (Non SVR) have a frequency of 44/185 (23.8%) for the genotype C/C,102/185 (55.1%) for the genotype C/T and 39/185 (21.1%) for genotype T/T.The Non SVR are associated with genotype C/T (p = 0.002) and T/T genotype (p= 0.001) as compared with the group of SVR. Today, the IL28B genotyping is recomended by in the American Association for the Study of Liver Diseases and the European Association for the Study of the Liver guidelines. As a result, physicians should consider testing IL28B in patients with hepatitis C; however, the implementation of routine genotyping has been halted in tertiary care hospitals because of the need for molecular biology tools that are expensive and highly complex. The CTPP multiplex assay described here detects in a single reaction the genotypes C/C, C/T, and T/T. This method allows rapid genotyping of the polymorphism rs12979860, which is reproducible in minimally equipped laboratories; it does not require any special equipment and is a relatively low-cost procedure. The PCR-CTPP method can be used for large testing arrays and is also suitable for genotyping a small number of samples
 
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Publishing Date
2013-08-02
 
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