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Tese de Doutorado
DOI
10.11606/T.75.2012.tde-24072012-163708
Documento
Autor
Nome completo
Flavia Aline Bressani Donatoni
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2012
Orientador
Banca examinadora
Carrilho, Emanuel (Presidente)
Canduri, Fernanda
Chapaval, Léa
Thiemann, Otavio Henrique
Vieira, Luiz da Silva
Título em português
Prospecção de SNPs por eletroforese capilar e sua identificação em genes candidatos relacionados à resistência de caprinos a nematóides gastrintestinais
Palavras-chave em português
caprinos
marcadores
SNP
Resumo em português
Citocinas são pequenas moléculas de sinalização celular que desempenham um papel muito importante no sistema imunológico e atuam na comunicação intracelular. Escolheu-se cinco genes pertencentes a essa família com o objetivo de se estudar SNPs que possam estar associados com a resistência à verminose gastrintestinal em caprinos. São eles: IL2, IL4, IL13, IFNg e TNFa. Para isso foi estudada uma população de 229 caprinos. Estes animais foram produzidos na Embrapa Caprinos e Ovinos (Sobral, CE) a partir de animais das Raças Saanen, raça considerada susceptível a endoparasitas gastrintestinais e Anglo-nubiana, raça considerada resistente aos mesmos endoparasitas. Após dois cruzamentos a terceira geração de animais, considerada F2, possuía 229 animais. Foram coletadas amostras de sangue para posteriores etapas de extração de DNA e quantificação; foram coletadas também amostras de fezes para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Os dados foram transformados em log10(n+1), onde n é número de ovos por grama de fezes, e analisados usando o procedimento dos modelos mistos do SAS (2002/2003). Os efeitos fixos incluídos no modelo foram sexo, coleta e idade a coleta e a variável animal foi utilizada como efeito aleatório. Com base no resultado dessa análise escolheu-se 44 animais com fenótipos extremos para resistência. Visando a prospecção de SNPs foram sequenciadas duas regiões do gene IL2, uma região do gene IL4, duas regiões do gene IL13, três regiões do gene IFNg e quatro regiões do gene TNFa. Foram encontrados dois SNPs no gene IL2 (intron 1 e intron 2), um SNP no gene IL4 (intron 3), um SNP no gene IL13 (intron 1), seis SNPs no gene IFNg (dois no exon 1, um no intron 1, um no intron 2, um no exon 3 e um no exon 4) e dez SNPs no gene TNFa (dois deles na região promotora do gene, dois no intron 2 e seis no exon 4). Verificou-se que há alteração de aminoácido na sequência de apenas um dos SNPs encontrados em regiões codificadoras de proteínas. A troca ocorre no segundo SNP localizado no exon 1 do gene IFNg (A/C), onde há alteração do aminoácido asparagina (considerando o alelo A) para treonina (alelo C). O estudo da associação entre as amostras extremos para resistência e os marcadores tipo SNP foi realizado com o teste de Fisher e observou-se que, dentre os vinte SNPs encontrados, oito deles apresentaram um valor de P ≤0,05, o que indica que os SNPs são potenciais marcadores moleculadores para resistência à verminose gastrintestinal, ou seja, provavelmente associados ao fenótipo estudado. Para essa associação ser validada é necessário estudar o efeito desses SNPs na população completa e em outras populações.
Título em inglês
Prospection of SNP by capillary electrophoresis related to resistance to gastrointestinal infection by nematodes in goats
Palavras-chave em inglês
goats
markers
SNP
Resumo em inglês
The cytokines are small cell-signaling proteins that play important role in immunologic system acting in intracellular communication. Five genes from cytokine family, i.e., IL2, IL4, IL13, IFNg, and TNFa were selected to search for SNPs, which may be associated with goat gastrointestinal endoparasites resistance. A population of 229 goats was produced in Embrapa Caprinos (Sobral, CE, Brazil). This population was an F2 offspring from a F1 intercross, which was in turn produced by crossing Saanen pure breed considered to be susceptible to gastrointestinal endoparasites with Anglo-nubiana pure breed considered to be resistant. Blood samples were collected for DNA extraction and fecal samples were collected for parasite egg counting. The data were transformed in log10(n+1), where n is the number of eggs per gram of feces, and analyzed by using the mixed model procedure of SAS (2002/2003). The fixed effects included were sex, sampling and age at sampling. The animal variable was used as random effect. After data analyses, forty four phenotypic extremes for endoparasite resistance were selected. Two regions of the gene IL2, one region of each gene IL4 and IL13, three regions of IFNg, and four regions of TNFa were sequenced in the search for SNPs. Two SNPs were found in the gene IL2 (intron 1 and intron 2), one SNP was found in IL4 (intron 3) one SNP in IL13 (intron 1) six SNPs in IFNg (two in the exon 1, one in the intron 1, one in the intron 2, one in the exon 3, and one in the exon 4) and ten SNPs were found in the gene TNFa (two in the promoter region, two in the intron 2 and six in the exon 4). Among all the SNPs found within exons only the second SNP of the IFNg exon 1 changes the amino acid. This SNP replaces an asparagine (allele A) by a threonin (allele C). The association study between the extremes and SNPs was performed using the Fisher exact test. A number of eight of the twenty described SNPs presented significant P value (P ≤0.05) indicating association with gastrointestinal endoparasite resistance and thus, the potential applicability as molecular markers for genetic improvement efforts involving this disease. To validate the associations, however, is necessary to study the effect of SNPs in a great number of animals and also in a variety of breeds.
 
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FlaviaABDonatoniR.pdf (8.51 Mbytes)
Data de Publicação
2012-09-21
 
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