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Doctoral Thesis
DOI
10.11606/T.9.2012.tde-10092012-113905
Document
Author
Full name
Isabel Irino Ramos Carvalho
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2012
Supervisor
Committee
Martinez, Marina Baquerizo (President)
Araujo, Welington Luiz de
Guth, Beatriz Ernestina Cabilio
Mayer, Marcia Pinto Alves
Piazza, Roxane Maria Fontes
Title in Portuguese
Análise da diversidade da microbiota fecal de crianças de zero a doze meses de idade usando o método de eletroforese em gel com gradiente desnaturante
Keywords in Portuguese
DGGE
Microbiota intestinal
Recém-nascidos
Abstract in Portuguese
A microbiota intestinal humana é um ecossistema complexo que abriga centenas de espécies bacterianas e que de um modo geral convive harmonicamente com o hospedeiro. Essa interação promove o desenvolvimento e estimulação do sistema imune. A microbiota tem papel primordial na saúde humana por produzir nutrientes, participar no metabolismo de carboidratos e por competir com bactérias patogênicas na colonização do ambiente intestinal. Ela alcança sua estabilidade em torno do segundo ano de vida. O tipo de parto, de alimentação, as condições sanitárias, sociais e os elementos do hospedeiro, como fatores genéticos, peristaltismo e pH intestinal, influenciam na sua composição. Quando há a instalação de infecções intestinais ou uso de antimicrobianos e de imunossupressores ocorre o desequilíbrio desse sistema. Esse estudo tem como objetivo avaliar o estabelecimento e a diversidade da microbiota intestinal em onze crianças a partir do segundo dia até o décimo segundo mês de vida. As amostras fecais das crianças foram coletadas no segundo e sétimo dias de vida e mensalmente do primeiro ao décimo segundo meses de vida. As análises de "fingerprinting" foram realizadas pelo método de eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) usando os iniciadores para a região V3 do gene 16S rRNA. Os perfis de similaridade foram feitos a partir da construção de dendrogramas e para avaliar as relações entre as amostras temporais das crianças e o perfil de bandas obtido com o DGGE foram feitas análises de correspondência. A análise do "fingerprinting" mostrou que cada criança apresentou um padrão de colonização distinto. Apesar de compartilharem algumas características como a forma de nascimento, quadro sócio-econômico e terem condições sanitárias semelhantes, observaram-se diferenças no processo de estabelecimento da microbiota de cada uma delas, o que pode ser devido aos fatores individuais e particularidades da alimentação, do uso de medicamentos e das intercorrências infecciosas. As análises de correspondência mostraram agrupamentos temporais, onde as amostras mais tardias (a partir de 10 meses até 12 meses de idade) estão muito relacionadas entre si indicando o início da estabilização da microbiota ao final do 1º ano de vida. O uso da técnica de "fingerprinting" por DGGE permitiu uma análise global dos estágios diferentes no estabelecimento da microbiota intestinal.
Title in English
Analysis of the intestinal microbiota of infants from zero to twelve months years old using the method denaturing gradient Gel electrophoresis
Keywords in English
DGGE
Infants
Intestinal microbiota
Abstract in English
The human intestinal microbiota is a complex ecosystem that homes hundreds of bacterial species, which generally live in harmony with the host. This interaction promotes the development and stimulation of the immune system. The microbiota plays a major role in human health by producing nutrient involved in carbohydrate metabolism and competes with pathogenic bacteria in the colonization of the intestinal environment. The stability is achieved around the second year of life. The type of delivery, food, sanitation, and social elements of the host, such as genetic factors, peristaltism and intestinal pH, influence their composition. The imbalance of this system happens due the installation of intestinal infections, in the use of antibiotics and immunosuppressants. The aim of this study is to evaluate the establishment and the diversity of the intestinal microbiota of eleven children from the second day of life until the twelfth month of life. The fecal samples were collected from children in the second and seventh days of life and monthly from the first month to the twelfth month of life. Analyses of fingerprinting was performed by the method of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) using the primers for the V3 region of the 16S rRNA gene. The similarity profiles were made with the construction of dendrograms and to evaluate the relationships between the temporal samples of children and the profile obtained from the DGGE bands were made the correspondence analysis (CA). The fingerprinting analysis showed that each child had a distinct pattern of bands. Although sharing some characteristics such as delivery mode, socio-economic context and similar health conditions were observed differences in the process of establishment of the microbiota of each, which may be due to individual factors, the use of medicine and infectious complications. The correspondence analysis showed temporal clusters, where the later samples (from 10 months to 12 months of age) are closely related to each other indicating the beginning of the stabilization of the microbiota at the end of the first year of life. Using the technique of fingerprintin by DGGE allowed a comprehensive analysis of different stages in the intestinal microbiota establishment.
 
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Publishing Date
2012-10-22
 
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