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Master's Dissertation
DOI
10.11606/D.95.2012.tde-14092013-132500
Document
Author
Full name
Bruna Renata Silva Corrêa
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2012
Supervisor
Committee
Vencio, Ricardo Zorzetto Nicoliello (President)
Martins Junior, David Corrêa
Reis, Eduardo Moraes Rego
Title in Portuguese
Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
Keywords in Portuguese
Plasmodium vivax
Anotação Funcional
Bioinformática
Transcritoma
Abstract in Portuguese
Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros.
Title in English
Computational analysis of the Plasmodium vivax transcriptome and genome: bioinformatics contributions for the malaria investigation
Keywords in English
Plasmodium vivax
Bioinformatics
Functional Annotation.
Transcriptome
Abstract in English
Plasmodium vivax is the parasite that causes the human malaria type with the largest global distribution and it is responsible for quality of life impairment of millions of people around the world. The general purpose of this study was contribute to understand the mechanism used by P. vivax to scape from the host spleen elimination, through statistical methodologies and bioinformatics. First of all, we carried out statistical analysis of a microarray experiment conducted earlier by the collaborators of this study, using Aotus lemurinus griseimembra as model organism, in order to identify genes of P. vivax expressed only in parasites extracted from monkeys with intact spleen. In the second step, we designed a tiling array containing 5'UTR, 3'UTR and all the exons of the P. vivax genome, which will be used to perform more experiments to investigate the role of the spleen on the parasite gene expression. In the last step, we add information to the functional annotation of P. vivax genome, through an automated methodology, to improve the biological interpretation of the results previously obtained and in future studies.
 
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BrunaCorrea.pdf (2.45 Mbytes)
Publishing Date
2013-09-16
 
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