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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.95.2008.tde-20230725-114553
Documento
Autor
Nome completo
Luciano Vieira de Araújo
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2008
Orientador
Título em português
Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV
Palavras-chave em português
Bioinformática
Resumo em português
Este trabalho apresenta o DBCollHIV, um ambiente computacional para estudos sobre o HIV. Ele é composto por um banco de dados e um conjunto de ferramentas de bioinformática para análise dos dados armazenados. O DBCollHIV atende desafios biológicos relacionados às pesquisas sobre HIV/AIDS como a criação de software para gerenciamento e análise de dados genéticos, clínicos, epidemiológicos e laboratoriais sobre o HIV em larga escala e com foco na validação da qualidade dos dados. Para tanto, sua arquitetura modular permite adaptar as estruturas de coleta e análise de dados para atender as necessidades apresentadas pelo avanço do conhecimento científico. O conjunto de ferramentas de análise desenvolvidas e disponíveis no DBCollHIV é formado pelo software PCR-Contamination utilizado para a identificação de possíveis contaminações ocorridas durante a obtenção das seqüências genéticas por PCR, pelo software HIVSetSubtype usado para subtipagem automática das seqüências do HIV, sejam de subtipos puros ou recombinantes e pelo software HIVdag, um ambiente para criação e execução de algoritmos para identificação de resistência às drogas usadas no tratamento de pacientes. Com o HIVdag, as regras de resistência às drogas são mapeadas para expressões da álgebra de processo, o que permite uso do arcabouço algébrico para geração automática e precisa dos algoritmos propostos pelos pesquisadores. O DBCollHIV permite o trabalho cooperativo por meio do compartilhamento de dados gerenciado pelo proprietário do dado e pelo reaproveitamento e evolução de sua estrutura computacional.
Título em inglês
not available
Resumo em inglês
not available
 
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Data de Publicação
2023-07-27
 
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