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Thèse de Doctorat
DOI
https://doi.org/10.11606/T.95.2008.tde-20230725-114553
Document
Auteur
Nom complet
Luciano Vieira de Araújo
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2008
Directeur
Titre en portugais
Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV
Mots-clés en portugais
Bioinformática
Resumé en portugais
Este trabalho apresenta o DBCollHIV, um ambiente computacional para estudos sobre o HIV. Ele é composto por um banco de dados e um conjunto de ferramentas de bioinformática para análise dos dados armazenados. O DBCollHIV atende desafios biológicos relacionados às pesquisas sobre HIV/AIDS como a criação de software para gerenciamento e análise de dados genéticos, clínicos, epidemiológicos e laboratoriais sobre o HIV em larga escala e com foco na validação da qualidade dos dados. Para tanto, sua arquitetura modular permite adaptar as estruturas de coleta e análise de dados para atender as necessidades apresentadas pelo avanço do conhecimento científico. O conjunto de ferramentas de análise desenvolvidas e disponíveis no DBCollHIV é formado pelo software PCR-Contamination utilizado para a identificação de possíveis contaminações ocorridas durante a obtenção das seqüências genéticas por PCR, pelo software HIVSetSubtype usado para subtipagem automática das seqüências do HIV, sejam de subtipos puros ou recombinantes e pelo software HIVdag, um ambiente para criação e execução de algoritmos para identificação de resistência às drogas usadas no tratamento de pacientes. Com o HIVdag, as regras de resistência às drogas são mapeadas para expressões da álgebra de processo, o que permite uso do arcabouço algébrico para geração automática e precisa dos algoritmos propostos pelos pesquisadores. O DBCollHIV permite o trabalho cooperativo por meio do compartilhamento de dados gerenciado pelo proprietário do dado e pelo reaproveitamento e evolução de sua estrutura computacional.
Titre en anglais
not available
Resumé en anglais
not available
 
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Date de Publication
2023-07-27
 
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