A clivagem e a poliadenilação são processos essenciais na formação do mRNA, que têm a função de estabelecer a extremidade 3’ e garantir a estabilidade do mRNA, sua localização no citoplasma e sua tradução. Os elementos presentes na região 3’ não traduzida (3’UTR) dos genes participam na regulação da expressão gênica e da tradução. A estabilidade dos mRNAs é alterada no câncer. Alterações genéticas observadas em diversos tipos de câncer são capazes de desregular o nível de expressão do mRNA mutado. Mais de 7000 genes humanos tem sítios alternativos de poliadenilação e a escolha do sítio depende do tecido no qual o gene é expresso, da fase do ciclo celular ou de fatores externos que influenciam a regulação da expressão gênica. Foram avaliadas as ocorrências relativas dos sinais de poliadenilação nos diversos tipos de transcritos e variantes. Os sinais canônicos AATAAAA e ATT AAA são os mais frequentes, ocorrendo em 46% e 15% respectivamente, no caso dos transcritos de referência humanos, em todos os genes. Dentre os genes com eventos de poliadenilação alternativa, a proporção dos sinais é bastante semelhante, sendo que 20% dos variantes curtos não possui sinal contra 11 % dos variantes longos. O estudo da poliadenilação alternativa deve levar em conta as regiões downstream aos sítios de clivagem, que têm papel importante na ligação da maquinaria de poliadenilação. Para tanto foi criado um score para estimar a força da ligação da proteína CstF à região downstream ao mRNA. Podemos observar que dentre os genes com poliadenilação alternativa, os sinais canônicos são mais afetados por SNPs em variantes curtos que em variantes longos. Neste trabalho analisamos a presença de transcritos mais curtos e mais longos no transcriptoma de células de cultura de câncer de mama HCC1954 e demonstramos também que é possível diferenciar os variantes de poliadenilação através de probes de microarray

Cleavage and polyadenylation are essential processes involved in mRNA formation, establishing 3’ end and assuring mRNA stability, its cytoplasmic location and translation. The sequence elements in 3’UTR play a crucial role in the regulation of gene expression and translation. The stability of mRNAs is altered in cancer. Genetic alterations seen in severa! types of cancer can disrupt the regulation of expression leveis of mutated mRNA. More than 7000 human genes have alternative polyadenylation sites and site choice depends on the tissue in which it is expressed, cell cycle or exogenous factors that may influence the regulation of gene expression. We evaluated the relative occurrence of polyadenylation signals in severa! types of transcripts and variants. The canonical signals AAT AAA and ATT AAA are the most frequent, occurring in 46% and 15% respectively, in human reference transcripts, in all genes. Among genes with alternative polyadenylation events, signal proportion is similar, nonetheless these is no signal in 20% of shorter variants against 11 % of longer variants. While studying alternative polyadenylation one should also take care about cleavage sites downstream regions, which have an important role in the assembly of the polyadenylation machinery. So forth we carne up with a score in arder to estimate the binding strength of CstF protein to the downstream region. We have seen that among alternative polyadenylated genes, canonical signals are more affected by SNPs in shorter than in longer variants. ln this work we analyzed the existence of shorter and longer transcripts in a breast cancer cell culture transcriptome of HCC1954 and we also shown it is possible to differentiate polyadenylation variants through microarray probes