O presente estudo teve como objetivo identificar e analisar o genoma de patógenos bacterianos de prioridade crítica isolados de pacientes com COVID-19, em 2020. Sessenta e cinco isolados bacterianos foram identificados por Maldi-Tof, incluindo Pseudomonas aeruginosa (11 isolados, 7,15%), Stenotrophomonas maltophilia (7 isolados, 4,55%), Burklholderia cenocepacia (2 isolados, 1,30%), Klebsiella aerogenes (3 isolados, 1,95%), Klebsiella pneumoniae (8 isolados, 5,20%), Acinetobacter baumannii (8 isolados, 5,20%), Enterobacter bugandensis (1 isolado, 0,65%), Burkholderia cepacia (13 isolados, 8,45%), Proteus mirabilis (1 isolado, 0,65%), Klebsiella variicola (2 isolados, 1,30%), Escherichia coli (1 isolado, 0,65%), Serratia marcescens (5 isolados, 3,25%), Morganella morganii (2 isolados, 1,30%) e Elizabethkingia miricola (1 isolado, 0,65%). Especificamente, 17 cepas (11,5%), incluindo K. pneumoniae (7 isolados), P. aeruginosa (5 isolados), A. baumannii (4 isolados) e E. coli (1 isolado), apresentaram um perfil de resistência a carbapenêmicos e/ou cefalosporinas de amplo espectro, como determinado pelo método de disco-difusão. Essas cepas foram submetidas a sequenciamento pela plataforma Illumina NextSeq. A análise genômica revelou um amplo resistoma para beta-lactâmicos (bla_KPC-2, bla_CTX-M-14, bla_CTX-M-15), aminoglicosídeos (oqxA, oqxB, qnrE1 e aac (6) -Ib-cr) e quinolonas (gyrA-83I e parC-80I) Adicionalmente, foram identificados clones internacionais de alto risco, como K. pneumoniae ST11, ST16, ST17 e ST437, P. aeruginosa ST244 e ST671, A. baumannii ST79 e ST730, e E. coli ST1193. Genes exoU e toxA, relacionados com alta virulência e o sistema de secreção tipo III, foram identificados em uma cepa de P. aeruginosa, enquanto genes responsáveis pela produção dos sideróforos enterobactina (ent) e aerobactina (iuc/iut) foram detectados em E. coli e A. baumannii. Uma limitação do presente estudo e a ausência de dados clínicos dos pacientes. Nossos resultados sugerem que pacientes com COVID-19 são suscetíveis de serem colonizados e/ou adquirir infecções secundárias por clones internacionais de alto risco, endêmicos em hospitais brasileiros. Essa condição pode contribuir para um prognóstico desfavorável da infecção por COVID-19.

The present study aimed to identify and analyze the genome of critically important bacterial pathogens isolated from COVID-19 patients in 2020. Sixty-five bacterial isolates were identified by Maldi-Tof, including Pseudomonas aeruginosa (11 isolates, 7.15%), Stenotrophomonas maltophilia (7 isolates, 4.55%), Burklholderia cenocepacia (2 isolates, 1.30%), Klebsiella aerogenes (3 isolates, 1.95%), Klebsiella pneumoniae (8 isolates, 5.20%), Acinetobacter baumannii (8 isolates, 5.20%), Enterobacter bugandensis (1 isolate, 0.65%), Burkholderia cepacia (13 isolates, 8.45%), Proteus mirabilis (1 isolate, 0.65%), Klebsiella variicola (2 isolates, 1.30%), Escherichia coli (1 isolate, 0.65%), Serratia marcescens (5 isolates, 3.25%), Morganella morganii (2 isolates, 1.30%), and Elizabethkingia miricola (1 isolate, 0.65%). Specifically, 17 strains (11.5%), including K. pneumoniae (7 isolates), P. aeruginosa (5 isolates), A. baumannii (4 isolates), and E. coli (1 isolate), showed a profile of resistance to carbapenems and/or broad-spectrum cephalosporins as determined by the disk diffusion method. These strains were subjected to sequencing using the Illumina NextSeq platform. Genomic analysis revealed a broad resistome for beta-lactams (bla_KPC-2, bla_CTX-M-14, bla_CTX-M-15), aminoglycosides (oqxA, oqxB, qnrE1, and aac(6')-Ib-cr), and quinolones (gyrA-83I e parC-80I). Additionally, internationally recognized high-risk clones were identified, such as K. pneumoniae ST11, ST16, ST17, and ST437, P. aeruginosa ST244 and ST671, A. baumannii ST79 and ST730, and E. coli ST1193. Genes exoU and toxA, related to high virulence and the type III secretion system, were identified in a strain of P. aeruginosa, while genes responsible to produce enterobactin (ent) and aerobactin (iuc/iut) siderophores were detected in E. coli and A. baumannii. A limitation of the present study is the absence of clinical data from the patients. Our results suggest that COVID-19 patients are susceptible to colonization and/or acquisition of secondary infections by internationally recognized high-risk clones endemic in Brazilian hospitals. This condition may contribute to an unfavorable prognosis for COVID-19 infection.